Vieira voltou à cena política em meados de
2005, quando venceu a
eleição presidencial apenas seis anos depois de ser expulso, durante uma
guerra civil que pôs fim a 19 anos de poder.
À medida que a guerra se intensificou, ele demonstrou habilidade como
líder militar e rapidamente subiu na cadeia de comando. Vieira era
conhecido por seus camaradas como "Nino" e esse permaneceu o seu
nome de guerra enquanto durou a luta.
Logo após eleições do conselho regional no fim de
1972,
em áreas sob o controle do PAIGC, que levaram à constituição de uma
assembleia constituinte, Vieira foi nomeado presidente da Assembleia
Nacional Popular. Em
28 de setembro de
1978, ele foi nomeado
primeiro-ministro da Guiné-Bissau.
Em
1980,
as condições económicas haviam-se deteriorado significativamente, o que
levou a uma generalizada insatisfação com o governo. Em
14 de novembro de
1980, Vieira derrubou o governo de
Luís Cabral num
golpe militar, o que o levou à desvinculação do PAIGC de
Cabo Verde,
que preferiu tornar-se um partido separado. A constituição foi suspensa
e um Conselho Militar da Revolução, com nove membros, comandado por
Vieira, foi formado. Em
1984, uma nova constituição foi aprovada, fazendo o país retornar a um regime civil.
A Guiné-Bissau, como o resto da
África subsaariana, foi em direção a uma
democracia multipartidária no começo dos
anos 90. A proibição de partidos políticos terminou em
1991 e houve eleições em
1994. Na primeira volta das eleições presidenciais, em
3 de julho,
Vieira receber 46,20% dos votos, concorrendo com outros sete
candidatos. Ele acabou em primeiro lugar, mas não conseguiu ganhar a
necessária maioria, o que levou a uma segunda volta, a
7 de agosto. Recebeu 52,02% dos votos, contra 47,98% de
Kumba Yalá, um ex-palestrante de filosofia e candidato do
Partido Renovador Social
(PRS). Observadores internacionais da eleição consideraram ambas as
votações livres e justas em geral. Vieira tomou posse com o primeiro
presidente democraticamente eleito da Guiné-Bissau a
29 de setembro de
1994.
Logo depois de uma tentativa fracassada de golpe de estado contra o governo em junho de
1998, o país se viu no meio de uma breve mas violenta guerra civil entre forças leais a Vieira e outras leais ao líder rebelde
Ansumane Mané. Rebeldes finalmente depuseram o governo de João Vieira num novo cessar-fogo em
7 de maio de
1999. Ele refugiou-se na embaixada portuguesa e veio para
Portugal em junho.
Em
7 de abril de
2005,
pouco mais de dois anos, depois de outro golpe militar derrubar o
governo do presidente Kumba Yalá, Vieira retornou a Bissau de Portugal.
Mais tarde, naquele mês, ele anunciou que se candidataria à presidência
nas eleições presidenciais de
2005, em junho.
Apesar de que muitos consideraram Vieira inelegível, por causa de
processos contra ele e porque ele estava no exílio, o Supremo Tribunal
de Justiça (STJ) decidiu que ele estava apto a concorrer. O seu antigo partido, o PAIGC, apoiou o ex-presidente interino,
Malam Bacai Sanhá, como seu candidato.
De acordo com resultados oficiais, Vieira ficou em segundo lugar na eleição de
19 de junho
com 28,87% dos votos, atrás de Malam Bacai Sanhá, e portanto participou
da segunda volta. Oficialmente derrotou Sanhá, na segunda volta, em
24 de julho, com 52,35% dos votos, e tomou posse como presidente em 1 de outubro.
Em
1 de março de
2009, após o assassinato do chefe de Estado Maior das Forças Armadas,
morto com uma bomba, no dia
2 de março o presidente é morto a tiro, por militares
que mantiveram a sua casa debaixo de fogo. Nino Vieira morre ao tentar
escapar de casa. Militares retiram os seus bens pessoais do palácio
presidencial, no saque que se seguiu. Depois de ferido a tiro, foi retalhado, em pedaços, à catanada.
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