Nascido em Londres, frequentou a Christ’s College da Universidade de Cambridge, onde se graduou em 1629 e obteve um mestrado em 1632. Leu obras antigas e modernas de teologia, filosofia, história, política, literatura e ciência, e em maio de 1638, viajou para França e Itália em uma digressão, se encontrou com o astrónomo Galileu Galilei e visitou a Accademia della Crusca. Ao voltar à Inglaterra, escreveu prosas contra o episcopado em plena Guerra Civil Inglesa, e atacou William Laud, arcebispo de Cantuária. Em março de 1649 foi feito Secretário de Línguas Estrangeiras pelo Conselho de Estado. Durante esse período publicou textos em defesa dos princípios republicanos, e em 1654 ficou completamente cego e consequentemente pobre. Após a Restauração Inglesa, Milton continuou a defender a república e criticar a monarquia. Se escondeu e recebeu um mandado de prisão, sendo perdoado posteriormente. Ele morreu em 1674, tendo se casado três vezes.
Sua prosa e poesia refletiam profundas convicções pessoais, a paixão pela liberdade e autodeterminação, e as questões urgentes e turbulência política de sua época. Escrevendo em inglês, latim e italiano, alcançou fama internacional em sua vida, e seu célebre Areopagítica (1644) está entre as defesas mais influentes da história da liberdade de expressão e liberdade de imprensa.
A biografia de William Hayley, publicada em 1796, o chamou de "o maior autor inglês", e ele geralmente permanece sendo considerado como "um dos escritores mais proeminentes da língua inglesa", embora a receção crítica tenha oscilado nos séculos desde sua morte (muitas vezes por conta de seu republicanismo). Samuel Johnson elogiou Paraíso Perdido como "um poema que, em relação ao design pode reivindicar o primeiro lugar, e no que diz respeito ao desempenho, o segundo, entre as produções da mente humana", embora ele - um conservador e destinatário do patrocínio real - descreveu a política de Milton como as de um "amargo e ranzinza republicano". Por causa de seu republicanismo, tem sido objeto de séculos de partidarismo britânico — uma consideração hostil de Anthony Wood, em 1691, uma biografia "não-conformista", de John Toland, em 1698, e muitos outros. Os seus tratados políticos foram consultados na elaboração da Constituição dos Estados Unidos.