As construções vitorianas e os prédios de tijolos ficaram devastados. O pior da destruição fora o incêndio, causado pelos fios elétricos que se partiram e, com as faíscas, a provocar a combustão do gás que escapou pela cidade toda. Com as canalizações subterrâneas de águas destruídas, os bombeiros não conseguiram responder ao incêndio a tempo e a cidade ficou praticamente inteira destruída. Às 07.00 horas da manhã os soldados do exército de Fort Mason (a base do histórico Presídio de 1776), em São Francisco, apresentaram-se na câmara da cidade e o então presidente E. E. Schmitz pediu o reforço das patrulhas e autorizou que qualquer soldado atirasse a matar se alguém fosse encontrado saqueando lojas e casas. Enquanto isto, bombeiros e militares lutaram num esforço desesperado para controlar o contínuo fogo, até mesmo usando dinamites para explodir quarteirões inteiros criando, assim, um paredão contra o fogo que se alastrava sem cessar.
Dos 225 mil habitantes que ficaram sem teto, cerca da metade destes refugiou-se do outro lado da baía, em Oakland (Califórnia). Os jornais da época descrevem como o Golden Gate Park, o bairro vizinho do Panhandle e as praias entre Ingleside e North Beach, se encontraram cobertos de tendas.
No dia 20 de abril, refugiados que ficaram emboscados em certas áreas por causa do incêndio tiveram que ser evacuados pela baía no cruzador USS Chicago, da Marinha americana. No dia 23, grande parte do incêndio já se havia apagado e as autoridades iniciaram o trabalho de construção da metrópole devastada. Contou-se na época 478 mortes, mas aparece hoje que este número, publicado pelas autoridades da época, subestimou o impacto real da catástrofe, nomeadamente entre a população chinesa. O balanço desde então aumentou, e o número geralmente aceite é de pelo menos de 3.000 mortes, resultantes do terremoto e do incêndio que alastrou pela cidade toda. Cerca de 28 mil prédios foram destruídos, incluindo a maioria das casas e praticamente todo o centro financeiro.