Em 1986, a 15 de novembro, o presidente da República Portuguesa Mário Soares reabilita Aristides de Sousa Mendes condecorando-o a título póstumo com o grau de Oficial da Ordem da Liberdade e a sua família recebe as desculpas públicas, dezasseis anos após a morte de Salazar.
Em 1994, o presidente português Mário Soares desvela um busto em homenagem a Aristides de Sousa Mendes, bem como uma placa comemorativa no n.º 14 da Quai Louis-XVIII, o endereço do consulado de Portugal em Bordéus em 1940.
Em 1995, a 23 de março, é agraciado a título póstumo pelo presidente da República Portuguesa Mário Soares com a Grã-Cruz da Ordem Militar de Cristo.
Em 1995, a Associação Sindical dos Diplomatas Portugueses (ASDP) cria um prémio anual com o seu nome.
Em 1998, a República Portuguesa, na prossecução do processo de reabilitação oficial da memória de Aristides de Sousa Mendes, condecora-o com a Cruz de Mérito a título póstumo pelas suas ações em Bordéus.
Em 2005, na Grande Sala da UNESCO em Paris, o barítono Jorge Chaminé organiza uma homenagem a Aristides de Sousa Mendes, realizando dois Concertos para a Paz, integrados nas comemorações dos 60 anos da UNESCO.
Em 2006 foi realizada uma ação de sensibilização: "Reconstruir a Casa do Cônsul Aristides de Sousa Mendes", na sua antiga casa em Cabanas de Viriato, Carregal do Sal e na Quinta de Crestelo, Seia - São Romão.
Em 2007 um programa televisivo da RTP1, Os Grandes Portugueses, promoveu a escolha dos dez maiores e importantes portugueses de todos os tempos. Sousa Mendes foi o terceiro mais votado. Ironicamente, o primeiro lugar foi atribuído a Salazar, e o segundo lugar a Álvaro Cunhal.
Em 2007 o barítono Jorge Chaminé realizou dois concertos homenagem a Aristides de Sousa Mendes, em Baiona e em Bordéus.
Em 2013 a cidade de Toronto, no Canadá, homenageou Sousa Mendes atribuindo o seu nome a um parque infantil recém-renovado.
Em 2014 a TAP Portugal batizou um novo Airbus A319 em homenagem a Aristides de Sousa Mendes.Em Viena, Áustria, no Vienna International Center, onde estão sediados diversos organismos da ONU, como a Agência Internacional de Energia Atómica, existe um grande passeio pedonal com o nome do ex-diplomata português, denominado "Aristides-de-Sousa-Mendes-Promenade".
Aristides de Sousa Mendes não foi o único funcionário a quem o seu país não perdoou a desobediência, apesar dos seus atos de justiça e humanidade na Segunda Guerra Mundial. Entre outros casos conhecidos de figuras que se destacaram pela coragem e humanismo incluem-se o cônsul japonês em Kaunas (Lituânia) Chiune Sugihara e Paul Grüninger, chefe da polícia do cantão suíço de São Galo.
Em 3 de abril de 2017, foi elevado, a título póstumo, a Grã-Cruz da Ordem da Liberdade pelo Presidente da República, Marcelo Rebelo de Sousa.
Em 2021, o cônsul vai ter o seu nome num passeio no 17.º bairro de Paris, junto ao atual Consulado-Geral de Portugal na capital francesa.