Em 1621, na subida ao trono de Filipe IV, o plano de incorporação de Portugal na Coroa de Espanha tinha já realizado duas fases: a fase da união pela monarquia dualista jurada em Tomar (1581) por Filipe II, prometendo o respeito pela autonomia do Governo de Portugal; e a fase da anexação, entretanto operada durante o reinado de Filipe III (1598-1621).
No início do reinado de Filipe IV faltava apenas consumar a absorção de Portugal. Na Instrucción sobre el gobierno de España, que o Conde-Duque de Olivares apresentou ao rei Filipe IV, em 1625, tratava-se do planeamento e da execução dessa fase final da absorção. O conde-duque indicava três caminhos:
- Realizar uma cuidadosa política de casamentos, para confundir e unificar os vassalos de Portugal e de Espanha;
- Ir o rei Filipe IV fazer corte temporária em Lisboa;
- Abandonar a letra e o espírito dos capítulos das Cortes de Tomar (1581), que colocava na dependência do Governo autónomo de Portugal os portugueses admitidos nos cargos militares e administrativos do Reino e do Ultramar (Oriente, África e Brasil), passando estes a ser vice-reis, embaixadores e oficiais palatinos de Espanha.
Rainha de Portugal
Após a aclamação, instalou-se em Lisboa com os filhos, vivendo para a sua educação. Não teve um papel apagado, pois, aquando da revolta de 1641, foi de parecer que os culpados não mereciam perdão, mesmo o inocente duque de Caminha. Exerceu governo sempre que o Rei acorria à fronteira do Alentejo, como, em julho de 1643, auxiliada nos negócios públicos por D. Manuel da Cunha, bispo capelão-mor, Sebastião César de Meneses e o marquês de Ferreira.
Desde muito cedo, as rainhas de Portugal contaram com os rendimentos de bens, adquiridos na sua grande maioria por doação. Às rainhas cabiam tenças sobre a receita das alfândegas, a vintena do ouro de certas minas, para além dos rendimentos das terras de que dispunham e a nomeação dos respectivos ofícios.
No entanto, e de acordo com o estipulado nas Ordenações Manuelinas, as doações feitas às rainhas, mesmo quando não reservavam para o monarca nenhuma parte da jurisdição cível e crime, deviam ser interpretadas com reserva da mais alta superioridade e senhorio para o Rei. Para além de estipularem as formas de exercício da jurisdição das rainhas, determinavam o regimento do ouvidor, que era desembargador na Casa da Suplicação.
Após o período de domínio filipino, durante o qual cessara o estado, dote e jurisdição das rainhas, D. João IV determinou que sua mulher, D. Luísa Gabriela de Gusmão, detivesse todas as terras que tinham pertencido à anterior rainha D. Catarina: (Silves, Faro, Alvor, Alenquer, Sintra, Aldeia Galega e Aldeia Gavinha, Óbidos, Caldas da Rainha e Salir do Porto), com as respectivas rendas, direitos reais, tributos e ofícios (vedor, juiz, ouvidor e mais desembargadores, oficiais dos feitos de sua fazenda e estado), padroados, e toda a jurisdição e alcaidarias mores, de acordo com a Ordenação manuelina.
Por Carta de 10 de janeiro de 1643 foram confirmadas as doações e jurisdição das rainhas. A 9 de fevereiro do mesmo ano, foram doadas a D. Luísa as terras da Chamusca e Ulme, mais bens pertencentes ao morgado Rui Gomes da Silva, e ainda o reguengo de Nespereira, Monção e Vila Nova de Foz Côa.
D. Luísa, por Decreto de 16 de julho de 1643, criou o Conselho ou Tribunal do Despacho da Fazenda e Estado da Casa das Senhoras Rainhas, constituído por um ouvidor presidente, dois deputados, um provedor, um escrivão e um porteiro. O Regimento do Conselho da Fazenda e Estado, outorgado em 11 de outubro de 1656, fixou a existência de um vedor da Fazenda, um ouvidor e dois deputados, um dos quais ouvidor geral das terras das rainhas, um procurador da Fazenda e respectivo escrivão, um chanceler e um escrivão da câmara. Esse regimento viria a ser confirmado por alvará de 11 de maio de 1786.
Regente do Reino
No testamento do esposo, D. Luísa foi nomeada regente durante a menoridade de D. Afonso VI, aclamado no Paço da Ribeira em 15 de novembro de 1656, aos 13 anos. Era voz corrente que D. Afonso sofria de grave doença, pelo que chegou-se a pensar no adiamento da cerimónia.
A regente procurou organizar o governo de modo a impor-se às facções palacianas em jogo. Nomeou D. Francisco de Faro e Noronha, conde de Odemira, para aio do monarca e manteve os ofícios da casa real nas mãos dos que os exerciam no tempo do marido. Os negócios públicos continuaram com os secretários de Estado e Mercês, Pedro Vieira da Silva e Gaspar de Faria Severim.
Mas a rivalidade entre o conde de Odemira e D. António Luís de Meneses, conde de Cantanhede, dificultou a sua acção. Viu-se assim coagida a nomear a chamada Junta Nocturna (por ter reuniões à noite) com vários conselheiros da sua confiança. Além dos dois nobres, havia ainda o marquês de Nisa, Pedro Fernandes Monteiro, o conde de São Lourenço e, o principal, Frei Domingos do Rosário, hábil diplomata. O sistema durou durante a regência, útil para a boa marcha dos negócios públicos.
Durante sua regência houve a grande vitória portuguesa das Linhas de Elvas, em 14 de janeiro de 1659, batalha decisiva porque a derrota implicaria a perda de Lisboa. Não foi uma vitória decisiva, pois o Tratado dos Pirinéus iria deixar a Espanha sem outros compromissos militares e Portugal voltaria a sentir ameaças mais graves.
O partido afecto a D. Afonso VI lançou-se abertamente na luta contra a regente, sob a orientação de D. Luís de Vasconcelos e Sousa, 3.º conde de Castelo Melhor. Em 1661, a rainha pretendia abandonar o governo, chegando a redigir um papel para justificar a sua atitude e a «monstruosidade que representava o reino com duas cabeças». Mas temendo a desastrosa administração de seu filho, resolveu manter-se regente.
A aliança com Inglaterra, assinada em 1662, foi em grande parte obra sua, bem como a organização das forças que, no ano seguinte, já no governo de D. Afonso VI, vieram a obter as vitórias da Guerra da Restauração. A viúva de D. João IV defendeu os princípios de liberdade e independência da restauração e manteve-se no governo, receosa de que o filho mais velho o comprometesse.
Jaz no Panteão dos Braganças, no Mosteiro de São Vicente de Fora em Lisboa, para onde foi trasladada de Xabregas.