A juventude foi marcada pela morte do pai e da mãe, tinha Isaltino Morais 13 e 18 anos, respetivamente. Aos 18 mudou-se para Lisboa, sendo em seguida (1970) chamado a cumprir o serviço militar, e mobilizado para Angola, durante a Guerra Colonial.
Só regressou à metrópole em 1973. Em 1976 ingressou na Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa. Em 1978 aderiu ao Partido Social Democrata.
Em 1981 concorreu ao Centro de Estudos Judiciários, iniciando de seguida o estágio para a magistratura do Ministério Público. Em 1984 deixou essa função ao ser nomeado assessor do Gabinete de Apoio Técnico-Legislativo do Ministério da Justiça.
Paralelamente, na Faculdade de Direito, foi monitor das disciplinas de Direito Constitucional, Direito Internacional Público e Direito Administrativo, de 1980 a 1985.
Isaltino Morais militava no PSD há cerca de sete anos quando foi escolhido, pela primeira vez, para encabeçar a lista do partido à Câmara Municipal de Oeiras, nas eleições autárquicas de 1985. Sendo um desconhecido da maioria dos eleitores, Isaltino seria eleito presidente dessa autarquia com 44,4% dos votos em 1985, conquistando a primeira vitória do PSD num concelho governado pelo PS desde as primeiras eleições autárquicas realizadas após o 25 de abril de 1974. O sucesso do seu período autárquico permitiu-lhe renovar o mandato por quatro vezes consecutivas, em listas do PSD. Alcançou a vitória nas autárquicas de 1989, com 43,6% dos votos; em 1993, com 31,1% dos votos; em 1997, com 48,27% dos votos; em 2001, com 55% dos votos.
Simultaneamente, Isaltino Morais foi vice-presidente da Junta Metropolitana de Lisboa (1992-1997) e da Associação Nacional de Municípios Portugueses (1997-2002); representante do Governo de Portugal no Comité de Peritos para os Assuntos Sociais do Conselho da Europa (1987-1991); membro do Comité das Regiões da União Europeia (1994-2002).
Com a vitória social-democrata nas eleições legislativas de 2002, Isaltino Morais estreou-se em funções governativas, ao ser nomeado Ministro das Cidades, Ordenamento do Território e Ambiente do XV Governo Constitucional, chefiado por Durão Barroso. Desempenhava este cargo quando foi confrontado pelo jornal O Independente com o facto de existirem suspeitas sobre uma conta na Suíça em seu nome, com rendimentos que não se encontravam, à data, declarados oficialmente, Isaltino viria a pedir a demissão do governo em 2003.
Em 2005, porém, Isaltino Morais regressou à presidência da Câmara Municipal de Oeiras. Numa candidatura envolta em polémica - o PSD rejeitou apoiar a sua candidatura Câmara, alegando o facto de Isaltino ser arguido em processos de corrupção passiva, fraude fiscal, branqueamento de capitais e abuso de poder, e Isaltino apresentou publicamente a sua desfiliação do partido. A seguir anunciou-se candidato pelo movimento independente Isaltino - Oeiras Mais à Frente, que derrotaria o candidato do PSD e os restantes, saindo vencedor, com 34,05% dos votos. E renovaria o mandato nas autárquicas de eleições autárquicas de 2009, com 41,52% dos votos.
Isaltino Morais foi considerado pelos jornalistas do Público José Augusto Moreira e Filomena Fontes autor de um meritório trabalho como presidente da Câmara Municipal de Oeiras. Dizem estes que por essas razões é muitas vezes apelidado de "autarca modelo" devido ao seu bom desempenho como autarca e visão estratégica.
Além disso, Isaltino Morais também possui várias obras publicadas no âmbito de temas como Gestão Autárquica e Ordenamento do Território. Entre 2003 e 2005 desempenhou funções como consultor de várias empresas do sector privado.
O movimento de cidadãos por si criado, Oeiras Mais à Frente, apoiou nas eleições autárquicas de 2013 Paulo Vistas para a presidência da Câmara Municipal de Oeiras. Para além de director de campanha Paulo Vistas foi também, nos últimos dois mandatos de Isaltino Morais na Presidente da Câmara Municipal de Oeiras, o vice-presidente da Câmara Municipal de Oeiras, passando, depois das eleições de 2013, a ser o Presidente da Câmara de Oeiras, com maioria relativa (na Vereação e assembleia Municipal).
Rompeu com o movimento IOMAF - Isaltino Oeiras Mais à Frente, que optou por apoiar Paulo Vistas, Presidente da Câmara Municipal de Oeiras (eleito com o apoio de Isaltino Morais) desde as eleições de 2013. Consequentemente, em abril de 2017, anunciou nova candidatura à Câmara Municipal de Oeiras pelo movimento IN-OV - Isaltino Inovar Oeiras de Volta, tendo sido eleito Presidente da Câmara Municipal de Oeiras com maioria absoluta (na Câmara e na Assembleia Municipal) nas eleições de 1 de outubro de 2017, com 41,65% dos votos, para o mandato 2017-2021.
No seguimento dessas acusações foi condenado a sete anos de prisão efectiva, perda de mandato, bem como a pagar uma indemnização de 463 mil euros ao Estado, em agosto de 2009.
Para evitar a prisão, Isaltino Morais, até 2013, interpôs 44 recursos desde que foi condenado pela primeira vez em Agosto de 2009 e já desembolsou mais de 133 781 euros: 10 mil euros só em taxas de justiça pelos recursos que apresentou, e pelas multas que pagou por apresentá-los fora de prazo, 60 mil euros em pareceres encomendados a penalistas e 62.781 euros que depositou no processo, referentes ao IRS em falta de 2001, 2002 e 2003. De fora, fica ainda o valor dos honorários pagos aos advogados, que, como é regra, permanecem secretos.
Em 2009 recorreu da sentença e a pena ficou suspensa, o que lhe permitiu a recandidatura ao Município de Oeiras nas eleições autárquicas de 2009, com a lista independente Isaltino - Oeiras mais à Frente. Conseguiu a vitória tal como em 2005, mantendo-se como presidente do Município.
A 13 de Julho de 2010 o Tribunal da Relação de Lisboa reduz de sete para dois anos de prisão a pena a que fora condenado em primeira instância, pelos crimes de branqueamento de capitais e fraude fiscal.
Em julho de 2010, o Tribunal da Relação de Lisboa confirmou a condenação do autarca apenas pelos crime fiscal e de branqueamento de capitais absolvendo-o do crime de abuso de poder e um segmento do crime de corrupção. Relativamente a factos que datam de 1996, anulou essa parte da condenação e ordenou a repetição dessa parte do julgamento (em que está em causa o favorecimento de um empreiteiro a troco de dinheiro, em 1996).
Em abril de 2011 o Supremo Tribunal de Justiça rejeitou o seu pedido de anulação da pena de dois anos de prisão efectiva a que tinha sido condenado e fez subir para mais do dobro o montante da indemnização.
Esteve detido nas instalações da Polícia Judiciária, em Lisboa, entre 29 e 30 de setembro de 2011, no âmbito do processo de fraude fiscal em que é arguido, tendo sido libertado pelo princípio de ''in dubio pro reo - dúvida favorável ao réu.
Em 11 de outubro de 2011, os juízes do Tribunal Constitucional rejeitaram por unanimidade o recurso interposto por Isaltino Morais e de cuja decisão definitiva dependia a execução da sentença que o condenou a dois anos de prisão efectiva.
Em 31 de outubro de 2011, o Tribunal Constitucional rejeitou o pedido de reanálise do recurso de Isaltino Morais que fora recusado por aquele tribunal no dia 11 de outubro. O Tribunal considerou transitado em julgado o seu acórdão de 11 de outubro.
Em janeiro de 2012, o Tribunal da Relação de Lisboa considerou que a decisão que condena Isaltino Morais, a dois anos de prisão efectiva «não transitará em julgado enquanto estiverem pendentes recursos» sobre a prescrição de crimes.
Em 30 de janeiro de 2012, o Tribunal de Oeiras, considerou que não se verificou qualquer prescrição no caso, e que o acórdão que condenou o autarca a dois anos de prisão transitou em julgado já no dia 28 de setembro. Apesar disso, "por ora", o arguido ainda não foi detido.
Em 24 de abril de 2012 o Tribunal da Relação de Lisboa decidiu que ainda não prescreveram os crimes pelos quais Isaltino de Morais foi condenado a dois anos de prisão por fraude fiscal.
Em maio de 2012 iniciou-se a repetição da parte relativa ao crime de corrupção (anulada em julho de 2010). Isaltino Morais regressou ao Tribunal de Oeiras. A juíza-presidente, Paula Albuquerque, perguntou-lhe se ele aceitava ser julgado por um novo crime de corrupção, ao que Isaltino respondeu que não. Para o processo prosseguir, o Ministério Público teria de fazer nova acusação, para tentar repetir o julgamento. O problema é que o crime entretanto prescreve: o crime de corrupção por ato ilícito tem um prazo de prescrição de 15 anos e os factos dados como provados ocorreram em 1996. Logo, o crime prescreveu em 2011.
Em 8 de novembro de 2012, juízes do Supremo Tribunal de Justiça voltaram a rejeitar a reclamação de Isaltino Morais que insistiu na existência de contradições da Relação sobre a prescrição dos crimes de fraude fiscal pelos quais o presidente da Câmara de Oeiras foi condenado a dois anos de prisão efectiva. Não há recurso desta decisão, mas ainda correu um prazo de 10 dias para a defesa pedir esclarecimentos ou arguir nulidades. Nesse período poderia ainda ser interposto um recurso para o Tribunal Constitucional.
Em março de 2013, o Tribunal Constitucional recusou o recurso, o que deixou ao Tribunal de Oeiras a decisão de ordenar o cumprimento da pena de dois anos de prisão efetiva aplicada ao autarca. O recurso de Isaltino Morais "foi objeto de decisão sumária de não conhecimento", o que significa que nem sequer mereceu a apreciação dos conselheiros. Após o Tribunal Constitucional notificar o Ministério Público e Isaltino Morais, a pena de prisão "transita em julgado", o que significava que a pena deverá vir a ser cumprida.
Em 24 de abril de 2013 foi detido pela Polícia Judiciária, iniciando o cumprimento da pena aplicada.
Em 24 de junho de 2014, o Tribunal da Relação de Lisboa decidiu que Isaltino de Morais iria sair da cadeia e cumprir o resto da pena em liberdade condicional.
Em 11 de outubro de 2014, Mário Soares, afirmou que "Isaltino foi um grande presidente de câmara e considero que foi injustiçado" (com excepção dos crimes cometidos).
Integrado na Maçonaria, terá sido iniciado na Loja Mercúrio, mas acabou por transitar para a Loja Mozart da Grande Loja Legal de Portugal.
- XV Governo Constitucional
- Ministro das Cidades, Ordenamento do Território e Ambiente (de 6 de abril de 2002 a 5 de abril de 2003).