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Em fins de 1968, Gil e Caetano Veloso, cuja importância no Brasil era, e é, de certa forma comparável à de John Lennon e Paul McCartney no mundo anglófono, foram presos pelo regime militar brasileiro instaurado após 1964 devido a supostas atividades subversivas, de que foram taxados. Ambos exilaram-se por ocasião do AI-5 (Ato Institucional 5) do governo militar em vigência no Brasil a partir de 1969 em Londres.
Nos anos 1970 iniciou uma turnê pelos Estados Unidos e gravou um álbum em inglês. De volta ao Brasil, em 1975 Gil grava Refazenda, um dos mais importantes trabalhos que, ao lado de Refavela, gravado após uma viagem ao continente africano, e Realce, formariam uma trilogia RE. Refavela traria a canção "Sandra", onde, de forma metafórica, Gil falaria sobre a experiência de ter sido preso por porte de drogas durante um excursão ao sul do país e ter sido condenado à permanência em manicómio judiciário, ou conforme denominação eufemística, casa de custódia e tratamento, entretanto designada por Gil como hospício.
Fechamento da trilogia, Realce, apesar de trazer em uma de suas faixas um dos mais belos e marcantes sucessos de Gil, Superhomem (influenciado pelo lançamento, um ano antes, do filme Superman), causaria certa polémica quando alguns considerariam a canção título, inspirada na disco music, como uma ode ao uso de cocaína, isto talvez explicitado pelos versos: realce, quanto mais purpurina melhor.
Ao lado dos colegas Caetano Veloso e Gal Costa, lançou o disco Doces Bárbaros, do grupo batizado com o mesmo nome e idealizado por Maria Bethânia, que era um dos vocais da banda. O disco é considerado uma obra-prima; apesar disto, na época do lançamento (1976) foi duramente criticado. Doces Bárbaros foi tema de filme, DVD e enredo da escola de samba GRES Estação Primeira de Mangueira em 1994, com o enredo Atrás da verde-e-rosa só não vai quem já morreu, puxadores de trio elétrico no carnaval de Salvador, apresentaram-se na praia de Copacabana e para a Rainha da Inglaterra. O quarteto Doces Bárbaros era uma típica banda hippie dos anos 1970.
Inicialmente o disco seria gravado em estúdio, mas por sugestão de Gal e Bethânia, foi o espetáculo que ficou registado em disco, sendo quatro daquelas canções gravadas pouco tempo antes no compacto duplo de estúdio, com as canções "Esotérico", "Chuckberry Fields Forever", "São João Xangô Menino" e "O seu amor", todas gravações raras.
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Quando se realizou o III Festival de Música Popular Brasileira, produzido pela Rede Record, apareceram várias composições que tiveram enorme êxito junto ao público brasileiro e entre elas estavam Domingo no Parque, de Gilberto Gil e Alegria, Alegria, de Caetano Veloso, que seriam o carro-chefe do tropicalismo, surgido "mais de uma preocupação entusiasmada pela discussão do novo do que propriamente como movimento organizado".
Segundo Celso F. Favaretto, em seu livro "Tropicália - Alegria, Alegria":
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O procedimento inicial do tropicalismo inseria-se na linha de modernidade: incorporava o caráter explosivo do momento às experiências culturais que vinham se processando; retrabalhava, além disso, as informações então vividas como necessidade, que passavam pelo filtro da importação. Este trabalho consistia em redescobrir e criticar a tradição, segundo a vivência do cosmopolitismo dos processos artísticos, e a sensibilidade pelas coisas do Brasil.
O que chegava, seja por exigência de transformar as linguagens das diversas áreas artísticas, seja pela indústria cultural, foi acolhido e misturado à tradição musical brasileira. Assim, o tropicalismo definiu um projeto que elidia as dicotomias estéticas do momento, sem negar, no entanto, a posição privilegiada que a música popular ocupava na discussão das questões políticas e culturais. Com isto, o tropicalismo levou à área da música popular uma discussão que se colocava no mesmo nível da que já vinha ocorrendo em outras, principalmente o teatro, o cinema e a literatura. Entretanto, em função da mistura que realizou, com os elementos da indústria cultural e os materiais da tradição brasileira, deslocou tal discussão dos limites em que fora situada, nos termos da oposição entre arte participante e arte alienada. O tropicalismo elaborou uma nova linguagem da canção, exigindo que se reformulassem os critérios de sua apreciação, até então determinados pelo enfoque da crítica literária. Pode-se dizer que o tropicalismo realizou no Brasil a autonomia da canção, estabelecendo-a como um objeto enfim reconhecível como verdadeiramente artístico.
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— Celso F. Favaretto
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Tropicália, canção de Caetano Veloso, é um autêntico exemplo da verdadeira revolução operada na estrutura letrista da canção popular e da necessidade de se reestudar então os critérios de avaliação e compreensão da nova linguagem utilizada.
Em confronto com a Bossa Nova, o tropicalismo teve como preocupação principal os problemas sociais do país, aliada a uma ideologia libertadora, a um inconformismo diante da maneira de viver do povo brasileiro, o que gerou uma crescente onda de participação popular, em face dos agravantes problemas por que sofria a nação. Já a Bossa Nova quis mostrar uma nova concepção musical, calcada na versatilidade que a música brasileira oferece.
Os responsáveis diretos pelo tropicalismo, Caetano Veloso, Gilberto Gil, Torquato Neto, Tom Zé, Rogério Duprat e outros, sem dúvida alguma, deram um salto a mais na modernização da música popular, buscando formas alternativas de composição e explorando uma concepção artística de mudança radical, dentro de um clima favorável. Foi impressionante sua importância nesse sentido, pois, sendo o último grande movimento realizado no país, deixou marcas que seriam cultivadas com o amadurecimento de seus próprios criadores e daqueles que seguiram sua linha de pensamento.
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Em janeiro de 2003, quando o presidente Luís Inácio Lula da Silva tomou posse, nomeou-o para o cargo de ministro da Cultura, nomeação que originou severas críticas de personalidades como Paulo Autran e Marco Nanini em entrevistas à Folha de São Paulo.
Entretanto, permaneceu no cargo de ministro por cinco anos e meio. Deixou o ministério em 30 de julho de 2008 para voltar a dedicar-se com maior exclusividade à sua vida artística.
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