El 10 de julio de 1997, Blanco fue secuestrado por ETA, que amenazó con asesinarlo a menos que el Gobierno español inició la transferencia de todos los presos de ETA a cárceles del País Vasco dentro de las 48 horas. Horas antes de que expirara el ultimátum, una de las más grandes manifestaciones de masas en la historia española se inició en las ciudades más importantes, exigiendo la liberación de Miguel Ángel. Pero 50 minutos después de la fecha límite de vencimiento, a las 16:50 del 12 de julio, recibió un disparo en la parte posterior de la cabeza. Poco después, fue encontrado en las afueras de San Sebastián, en la agonía de la muerte, con su las manos atadas. Murió en el hospital a las 04:30 del 13 de julio.
Repercusiones
El asesinato de Miguel Ángel Blanco supuso una importante movilización en contra de ETA. Tras su muerte se acuñó el término Espíritu de Ermua y se creó el 18 de diciembre de 1997 la Fundación Miguel Ángel Blanco, presidida por su hermana, con el objetivo de mantener, promover y fomentar el respeto a los Derechos Humanos, los principios de paz, solidaridad y convivencia democrática y conservar viva la memoria de Miguel Ángel Blanco. La entidad promotora de esta fundación fue Radio Televisión Española, que donó para su creación los ingresos obtenidos durante el acto homenaje en recuerdo de Miguel Ángel Blanco.
Su secuestro y asesinato provocaron un sentimiento social de rechazo hacia ETA en grandes sectores de la ciudadanía. Aunque asociaciones como Gesto por la Paz de Euskal Herria ya habían iniciado el año anterior sus movilizaciones cívicas contra la violencia, a partir de entonces las organizaciones y las expresiones en contra de la violencia de ETA aumentaron.
El Foro de Ermua surge tras la reunión de varios profesores después del secuestro y posterior asesinato del concejal. Su eje de acción es un manifiesto de repulsa donde se proclama su oposición a cualquier negociación con ETA que no sea su disolución como organización armada y la unidad antiterrorista de los dos grandes partidos políticos, PP y PSOE. Militantes de distintas organizaciones políticas, principalmente del PSOE y del PP o periodistas integran este grupo cívico.
El 30 de junio de 2006 se juzgó y condenó a 50 años de prisión a los responsables, Francisco Javier García Gaztelu (alias Txapote) y su compañera sentimental Irantzu Gallastegui (alías Amaia), por el secuestro y asesinato del concejal. Durante los mismos días del juicio Telecinco emitió el documental Miguel Ángel Blanco: el día que me mataron.
Los familiares de Miguel Ángel fueron expulsados del juicio por interrumpir la vista tras enfrentarse a los acusados y sus familiares. La hermana de Miguel Ángel (María del Mar) y presidenta de su fundación manifestó: "Les he dicho que se rían; que yo el día que sus familiares se pudran en la cárcel, desde ese día, me reiré yo".
Diez años después todavía se celebran actos de homenaje, existiendo una fundación en su recuerdo.
Tras el décimo aniversario de la muerte de Blanco, sus familiares trasladaron su cuerpo desde el nicho del cementerio de Ermua al de la localidad orensana de La Merca, donde actualmente descansa en su tumba.
El cantautor Carlos Goñi, líder del grupo musical Revólver, compuso una canción, "Una lluvia violenta y salvaje", de su disco Básico 2, en homenaje a Miguel Ángel Blanco.













