A juventude foi marcada pela morte do pai e da mãe, tinha Isaltino Morais 13 e 18 anos, respetivamente. Aos 18 mudou-se para Lisboa, sendo em seguida (1970) chamado a cumprir o serviço militar, e mobilizado para Angola, durante a Guerra Colonial.
Só regressou à metrópole em 1973. Em 1976 ingressou na Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa. Em 1978 aderiu ao Partido Social Democrata.
Em 1981 concorreu ao Centro de Estudos Judiciários, iniciando de seguida o estágio para a magistratura do Ministério Público. Em 1984 deixou essa função ao ser nomeado assessor do Gabinete de Apoio Técnico-Legislativo do Ministério da Justiça.
Paralelamente, na Faculdade de Direito, foi monitor das disciplinas de Direito Constitucional, Direito Internacional Público e Direito Administrativo, de 1980 a 1985.
Isaltino Morais militava no PSD há cerca de sete anos quando foi escolhido, pela primeira vez, para encabeçar a lista do partido à Câmara Municipal de Oeiras, nas eleições autárquicas de 1985. Sendo um desconhecido da maioria dos eleitores, Isaltino seria eleito presidente dessa autarquia com 44,4% dos votos em 1985, conquistando a primeira vitória do PSD num concelho governado pelo PS desde as primeiras eleições autárquicas realizadas após o 25 de abril de 1974. O sucesso do seu período autárquico permitiu-lhe renovar o mandato por quatro vezes consecutivas, em listas do PSD. Alcançou a vitória nas autárquicas de 1989, com 43,6% dos votos; em 1993, com 31,1% dos votos; em 1997, com 48,27% dos votos; em 2001, com 55% dos votos.
Simultaneamente, Isaltino Morais foi vice-presidente da Junta Metropolitana de Lisboa (1992-1997) e da Associação Nacional de Municípios Portugueses (1997-2002); representante do Governo de Portugal no Comité de Peritos para os Assuntos Sociais do Conselho da Europa (1987-1991); membro do Comité das Regiões da União Europeia (1994-2002).
Com a vitória social-democrata nas eleições legislativas de 2002, Isaltino Morais estreou-se em funções governativas, ao ser nomeado Ministro das Cidades, Ordenamento do Território e Ambiente do XV Governo Constitucional, chefiado por Durão Barroso. Desempenhava este cargo quando foi confrontado pelo jornal O Independente com o facto de existirem suspeitas sobre uma conta na Suíça em seu nome, com rendimentos que não se encontravam, à data, declarados oficialmente, Isaltino viria a pedir a demissão do governo em 2003.
Em 2005, porém, Isaltino Morais regressou à presidência da Câmara Municipal de Oeiras. Numa candidatura envolta em polémica - o PSD rejeitou apoiar a sua candidatura Câmara, alegando o facto de Isaltino ser arguido em processos de corrupção passiva, fraude fiscal, branqueamento de capitais e abuso de poder, e Isaltino apresentou publicamente a sua desfiliação do partido. A seguir anunciou-se candidato pelo movimento independente Isaltino - Oeiras Mais à Frente, que derrotaria o candidato do PSD e os restantes, saindo vencedor, com 34,05% dos votos, e renovaria o mandato, nas autárquicas de eleições autárquicas de 2009, com 41,52% dos votos.
Isaltino Morais foi considerado pelos jornalistas do Público José Augusto Moreira e Filomena Fontes autor de um meritório trabalho como presidente da Câmara Municipal de Oeiras. Dizem estes que por essas razões é muitas vezes apelidado de "autarca modelo" devido ao seu bom desempenho como autarca e visão estratégica.
Em abril de 2013, quando desempenhava o seu sétimo mandato consecutivo como presidente da Câmara Municipal de Oeiras, foi detido para cumprir pena de prisão por fraude fiscal e branqueamento de capitais. Foi transportado para o Estabelecimento Prisional anexo à Polícia Judiciária, em Lisboa, e foi transferido, em maio de 2013, para o Estabelecimento Prisional da Carregueira, no município de Sintra, momento em que apresentou pedido de suspensão do mandato de presidente. Paulo Vistas, até então vice-presidente da Câmara Municipal de Oeiras, assumiu o cargo de presidente, em substituição de Isaltino Morais, tendo sido posteriormente eleito presidente da Câmara Municipal de Oeiras, em setembro de 2013, com maioria relativa (na Câmara Municipal e na Assembleia Municipal) pelo movimento Isaltino Oeiras Mais à Frente (IOMAF). Nessas eleições, em que apoiou Paulo Vistas, o movimento IOMAF tentou apresentar o nome de Isaltino Morais como cabeça de lista à Assembleia Municipal de Oeiras, o que foi rejeitado pelo Tribunal Constitucional, que alegou a sua inelegibilidade material, em virtude de se encontrar a cumprir pena de prisão efetiva, estando impedido de fazer campanha eleitoral e de tomar posse, em caso de eleição.
Foi designado pela Câmara Municipal de Oeiras, em 2012, presidente do Conselho de Administração da Fundação Marquês de Pombal para o mandato 2013-2016, só vindo a assumir o cargo em outubro de 2014, após cumprir a pena de prisão a que fora condenado, mantendo-se em funções até janeiro de 2022. Entre 2014 e 2017, manteve atividade empresarial.
Rompeu com o movimento IOMAF - Isaltino Oeiras Mais à Frente, que optou por apoiar Paulo Vistas, presidente da Câmara Municipal de Oeiras desde as eleições de 2013. Consequentemente, em abril de 2017, anunciou nova candidatura à Câmara Municipal de Oeiras pelo movimento IN-OV - Isaltino Inovar Oeiras de Volta, tendo sido eleito presidente da Câmara Municipal de Oeiras com maioria absoluta (na Câmara e na Assembleia Municipal) nas eleições de 1 de outubro de 2017, com 41,7% dos votos, para o mandato 2017-2021, para um oitavo mandato como presidente da Câmara Municipal de Oeiras - o primeiro mandato de três possíveis mandatos consecutivos. Entre 2019 e 2022, exerceu novamente funções como presidente do Conselho de Administração dos SIMAS – Serviços Intermunicipalizados de Água e Saneamento de Oeiras e Amadora, após ter sido vogal do referido Conselho de Administração entre 2017 e 2019, no âmbito do regime de rotatividade entre os autarcas dos municípios de Oeiras e Amadora.
Nas eleições autárquicas de 26 de setembro de 2021, foi reeleito presidente da Câmara Municipal de Oeiras para um segundo mandato consecutivo - o nono no total de mandatos - pelo movimento IN-OV - Isaltino Inovar Oeiras, com 50,9% dos votos e maioria absoluta, tanto na Câmara Municipal como na Assembleia Municipal.No seguimento dessas acusações foi condenado a sete anos de prisão efetiva, perda de mandato, bem como a pagar uma indemnização de 463 mil euros ao Estado, em agosto de 2009.
Para evitar a prisão, Isaltino Morais, até 2013, interpôs 44 recursos desde que foi condenado pela primeira vez em Agosto de 2009 e desembolsou mais de 133.781 euros: 10 mil euros só em taxas de justiça pelos recursos que apresentou, e pelas multas que pagou por apresentá-los fora de prazo, 60 mil euros em pareceres encomendados a penalistas e 62.781 euros que depositou no processo, referentes ao IRS em falta de 2001, 2002 e 2003. De fora, fica ainda o valor dos honorários pagos aos advogados, que, como é regra, permanecem secretos.
Em 2009 recorreu da sentença e a pena ficou suspensa, o que lhe permitiu a recandidatura ao Município de Oeiras nas eleições autárquicas de 2009, com a lista independente Isaltino - Oeiras mais à Frente. Conseguiu a vitória, tal como em 2005, mantendo-se como presidente do Município.
A 13 de julho de 2010 o Tribunal da Relação de Lisboa reduz de sete para dois anos de prisão a pena a que fora condenado em primeira instância, pelos crimes de branqueamento de capitais e fraude fiscal.
Em julho de 2010, o Tribunal da Relação de Lisboa confirmou a condenação do autarca apenas pelos crime fiscal e de branqueamento de capitais, absolvendo-o do crime de abuso de poder e um segmento do crime de corrupção. Relativamente a factos que datam de 1996, anulou essa parte da condenação e ordenou a repetição dessa parte do julgamento (em que está em causa o favorecimento de um empreiteiro a troco de dinheiro, em 1996).
Em abril de 2011 o Supremo Tribunal de Justiça rejeitou o seu pedido de anulação da pena de dois anos de prisão efetiva a que tinha sido condenado e fez subir para mais do dobro o montante da indemnização.
Esteve detido nas instalações da Polícia Judiciária, em Lisboa, entre 29 e 30 de setembro de 2011, no âmbito do processo de fraude fiscal em que é arguido, tendo sido libertado pelo princípio de ''in dubio pro reo - dúvida favorável ao réu.
Em 11 de outubro de 2011, os juízes do Tribunal Constitucional rejeitaram por unanimidade o recurso interposto por Isaltino Morais e de cuja decisão definitiva dependia a execução da sentença que o condenou a dois anos de prisão efetiva.
Em 31 de outubro de 2011, o Tribunal Constitucional rejeitou o pedido de reanálise do recurso de Isaltino Morais que fora recusado por aquele tribunal no dia 11 de outubro. O Tribunal considerou transitado em julgado o seu acórdão de 11 de outubro.
Em janeiro de 2012, o Tribunal da Relação de Lisboa considerou que a decisão que condena Isaltino Morais, a dois anos de prisão efetiva «não transitará em julgado enquanto estiverem pendentes recursos» sobre a prescrição de crimes.
Em 30 de janeiro de 2012, o Tribunal de Oeiras, considerou que não se verificou qualquer prescrição no caso, e que o acórdão que condenou o autarca a dois anos de prisão transitou em julgado já no dia 28 de setembro. Apesar disso, "por ora", o arguido ainda não foi detido.
Em 24 de abril de 2012 o Tribunal da Relação de Lisboa decidiu que ainda não prescreveram os crimes pelos quais Isaltino de Morais foi condenado a dois anos de prisão por fraude fiscal.
Em maio de 2012 iniciou-se a repetição da parte relativa ao crime de corrupção (anulada em julho de 2010). Isaltino Morais regressou ao Tribunal de Oeiras. A juíza-presidente, Paula Albuquerque, perguntou-lhe se ele aceitava ser julgado por um novo crime de corrupção, ao que Isaltino respondeu que não. Para o processo prosseguir, o Ministério Público teria de fazer nova acusação, para tentar repetir o julgamento. O problema é que o crime entretanto prescreve: o crime de corrupção por ato ilícito tem um prazo de prescrição de 15 anos e os factos dados como provados ocorreram em 1996. Logo, o crime prescreveu em 2011.
Em 8 de novembro de 2012, juízes do Supremo Tribunal de Justiça voltaram a rejeitar a reclamação de Isaltino Morais que insistiu na existência de contradições da Relação sobre a prescrição dos crimes de fraude fiscal pelos quais o presidente da Câmara de Oeiras foi condenado a dois anos de prisão efetiva. Não há recurso desta decisão, mas ainda correu um prazo de 10 dias para a defesa pedir esclarecimentos ou arguir nulidades. Nesse período poderia ainda ser interposto um recurso para o Tribunal Constitucional.
Em março de 2013, o Tribunal Constitucional recusou o recurso, o que deixou ao Tribunal de Oeiras a decisão de ordenar o cumprimento da pena de dois anos de prisão efetiva aplicada ao autarca. O recurso de Isaltino Morais "foi objeto de decisão sumária de não conhecimento", o que significa que nem sequer mereceu a apreciação dos conselheiros. Após o Tribunal Constitucional notificar o Ministério Público e Isaltino Morais, a pena de prisão "transita em julgado", o que significava que a pena deverá vir a ser cumprida.
Em 24 de abril de 2013 foi detido pela Polícia Judiciária, iniciando o cumprimento da pena aplicada.
Para evitar a prisão, interpôs, até 2013, 44 recursos desde que foi condenado pela primeira vez em agosto de 2009 e desembolsou mais de 133.781 euros: 10 mil euros só em taxas de justiça pelos recursos que apresentou, e pelas multas que pagou por apresentá-los fora de prazo, 60 mil euros em pareceres encomendados a penalistas e 62.781 euros que depositou no processo, referentes ao IRS em falta de 2001, 2002 e 2003. De fora, fica ainda o valor dos honorários pagos aos advogados, que, como é regra, permanecem secretos.
Em 24 de junho de 2014, saiu da cadeia para cumprir o resto da pena em liberdade condicional, ficando sujeito a termo de identidade e residência e proibição de ausência do território nacional até abril de 2015.
Em maio de 2022, o Tribunal Europeu dos Direitos do Homem rejeitou uma queixa interposta por Isaltino Morais contra o Estado português, em maio de 2013, em que alegava falta de imparcialidade dos tribunais na apreciação do processo em que era arguido. O Tribunal Europeu dos Direitos do Homem salientou a interposição de sucessivos recursos por Isaltino Morais e a correta análise de todos eles e a preparação dos magistrados como fundamentos para rejeitar a alegação de falta de imparcialidade.
Em outubro de 2022, foi acusado do crime de prevaricação de titular de cargo político no âmbito de uma investigação iniciada pelo Ministério Público, em 2011, dando origem ao inquérito n.º 2142/11.8TDLSB da 1.ª secção do Departamento de Investigação e Ação Penal de Lisboa, que pede também a pena acessória de perda de mandato para Isaltino Morais, em caso de condenação. Em dezembro de 2012, uma auditoria do Tribunal de Contas detetou diversas irregularidades e uma infração grave, por não terem sujeitos a fiscalização prévia do Tribunal de Contas diversos contratos de parcerias público-privadas celebrados pela Câmara Municipal de Oeiras. À época, Isaltino Morais rejeitou quaisquer irregularidades e afirmou que a auditoria se tratava de "caça à multa". Em causa, alega o Ministério Público, está o modelo de Parcerias Público-Privadas Institucionais adotado entre 2006 e 2012, não apenas na Câmara Municipal de Oeiras, mas também nas Câmaras Municipais de Odivelas e Mafra. Entre os acusados, encontram-se Paulo Vistas, então vice-presidente e, posteriormente, sucessor de Isaltino Morais na presidência da Câmara Municipal de Oeiras, e também Susana Amador e Paulo Teixeira, antigos presidente e vereador da Câmara Municipal de Odivelas, respetivamente, e José Ministro dos Santos e Gil Rodrigues, antigos presidente e vereador da Câmara Municipal de Mafra, respetivamente, para os quais é pedido pelo Ministério Público o impedimento de se candidatarem novamente aos cargos, assim como o presidente do conselho de administração da empresa escolhida para a celebração de contratos de parcerias público-privadas e o presidente do conselho de administração da empresa de assessoria/consultoria no âmbito dos referidos contratos. No caso da Câmara Municipal de Oeiras, os contratos de parcerias público-privadas visavam a construção de duas escolas e dois centros geriátricos, a cargo da Oeiras Primus, um centro de congressos e um centro de formação profissional e apoio social, a cargo da Oeiras Expo, duas sociedades criadas para o efeito, detidas pela Câmara Municipal e pela empresa por esta selecionada. Em janeiro de 2012, a Polícia Judiciária efetuou, neste âmbito, buscas na Câmara Municipal de Oeiras e recolheu documentos do computador do então vice-presidente da Câmara Municipal, Paulo Vistas, tendo Isaltino Morais, à data, desvalorizado a situação, admitindo apenas falhas quanto à falta de financiamento dos projetos, mas recusando qualquer intenção dolosa ou de favorecimento. Isaltino Morais foi constituído arguido neste processo em agosto de 2017, refutando, no entanto, quaisquer acusações de favorecimento de grupos empresariais e de penalização da Câmara Municipal de Oeiras pelas decisões tomadas, assim como negando a realização de buscas na sua residência ou no seu gabinete da Câmara Municipal e a participação nos concursos de seleção das empresas para a celebração dos contratos de parcerias público-privadas. Isaltino Morais alegou também que a Câmara Municipal e a Assembleia Municipal de Oeiras procederam, em fevereiro de 2012, à rescisão sancionatória dos contratos após um relatório preliminar do Tribunal de Contas sobre os contratos de parceria público-privada e que a interposição de duas ações judiciais no Tribunal Administrativo e Fiscal de Sintra permitiu uma redução do montante a pagar pela Câmara Municipal de Oeiras no âmbito dos referidos contratos.
Em novembro de 2023, a acusação a Isaltino Morais pelo crime de prevaricação foi anulada pelo Tribunal Central de Instrução Criminal, que alegou «insuficiência do inquérito», por falta de interrogatório do Ministério Público a Isaltino Morais, que apenas terá sido notificado para interrogatório em agosto de 2017 (período de férias judiciais) e terá manifestado intenção de depor no processo sem nunca ter sido ouvido, o que a juíza de instrução entendeu como irregularidade por parte do Ministério Público. O Tribunal Central de Instrução Criminal considerou também que deveria ter sido aplicado a Isaltino Morais, pelo Ministério Público, o regime processual próprio dos titulares de cargos políticos, o que, não tendo acontecido, configura irregularidade do Ministério Público.Funções maçónicas
É membro da Maçonaria. Foi iniciado na Loja Mercúrio em 2005, tendo sido convidado por José Moreno, antigo assessor da ministra das Finanças, Manuela Ferreira Leite, e antigo grão-mestre da Grande Loja Legal de Portugal.
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