Em 2000, o XIV Governo, dirigido por António Guterres, reconheceu o interesse na promoção da Base para fins civis, iniciou o estudo de viabilidade do aeroporto de Beja e criou a EDAB. O estudo, que determinou a viabilidade do aeroporto, terminou em 2003 e, após a conclusão do plano diretor, dos projetos de execução e do estudo de impacto ambiental favorável, as obras de construção da infraestrutura começaram em 2007 e terminaram em 2009, sob o auspício do governo de José Sócrates. O aeroporto começou a operar a 13 de abril de 2011, quando se realizou o voo inaugural, mas, desde então, apesar de aberto, tem estado praticamente vazio e sem voos e passageiros na maioria dos dias.
O voo inaugural aconteceu no dia 13 de abril de 2011 promovido pelo município de Ferreira do Alentejo. As obras da primeira fase de construção foram atribuídas à empresa construtora Sopol pela empresa de desenvolvimento do Aeroporto de Beja (EDAB). O aeroporto representa um investimento de cerca de 33 milhões de euros e estava previsto estar operacional em julho de 2009 (Bastos, 2009). O governo português pretendia focalizar este aeroporto para a laboração de companhias aéreas de baixo custo, visto que este aeroporto vai beneficiar de taxas aeroportuárias significativamente baixas. É também de importante relevância o facto de o aeroporto se localizar a pouco tempo do Algarve e dos empreendimentos hoteleiros já projetados para a Costa Vicentina e a Barragem de Alqueva, este também se encontra a pouco mais de duas horas de Lisboa.
Para uma melhor rentabilização do Aeroporto de Beja foi adjudicado o novo troço da auto-estrada (Autoestrada do Baixo Alentejo) que une o Porto de Sines a este novo aeroporto, de forma a torná-lo mais competitivo, unir a cidade do Baixo Alentejo, Beja, ao litoral e, desta forma, criar uma intermodalidade de serviços e transportes. Também com esta nova auto-estrada, o aeroporto de Beja, destinado a companhias aéreas de baixo custo, terá ligação não só com a capital, Lisboa, mas também com o Algarve.
A viagem inaugural aconteceu no dia 13 de abril de 2011 com destino a Cabo Verde.
No dia 23 de julho de 2018, às 16:57, um Airbus A380 da Hi Fly aterrou no aeroporto. Foi o primeiro avião deste modelo que aterra em Portugal.
Não tenhas medo, não! Tranquilamente,Como adormece a noite pelo outono,Fecha os olhos, simples, docemente,Como à tarde uma pomba que tem sono…
Cantar Alentejano - Zeca Afonso
Chamava-se Catarina
O Alentejo a viu nascer
Serranas viram-na em vida
Baleizão a viu morrer
Ceifeiras na manha fria
Flores na campa lhe vão pôr
Ficou vermelha a campina
Do sangue que então brotou
Acalma o furor campina
Que o teu pranto não findou
Quem viu morrer Catarina
Não perdoa a quem matou
Aquela pomba tão branca
Todos a querem p'ra si
O Alentejo queimado
Ninguém se lembra de ti
Aquela andorinha negra
Bate as asas p'ra voar
O Alentejo esquecido
Inda um dia hás-de cantar
Não tenhas medo, não! Tranquilamente,Como adormece a noite pelo outono,Fecha os olhos, simples, docemente,Como à tarde uma pomba que tem sono…
