Em 2000, o XIV Governo, dirigido por António Guterres, reconheceu o interesse na promoção da Base para fins civis, iniciou o estudo de viabilidade do aeroporto de Beja e criou a EDAB. O estudo, que determinou a viabilidade do aeroporto, terminou em 2003 e, após a conclusão do plano diretor, dos projetos de execução e do estudo de impacto ambiental favorável, as obras de construção da infraestrutura começaram em 2007 e terminaram em 2009, sob o auspício do governo de José Sócrates. O aeroporto começou a operar a 13 de abril de 2011, quando se realizou o voo inaugural, mas, desde então, apesar de aberto, tem estado praticamente vazio e sem voos e passageiros na maioria dos dias.
O voo inaugural aconteceu no dia 13 de abril de 2011 promovido pelo município de Ferreira do Alentejo. As obras da primeira fase de construção foram atribuídas à empresa construtora Sopol pela empresa de desenvolvimento do Aeroporto de Beja (EDAB). O aeroporto representa um investimento de cerca de 33 milhões de euros e estava previsto estar operacional em julho de 2009 (Bastos, 2009). O governo português pretendia focalizar este aeroporto para a laboração de companhias aéreas de baixo custo, visto que este aeroporto vai beneficiar de taxas aeroportuárias significativamente baixas. É também de importante relevância o facto de o aeroporto se localizar a pouco tempo do Algarve e dos empreendimentos hoteleiros já projetados para a Costa Vicentina e a Barragem de Alqueva, este também se encontra a pouco mais de duas horas de Lisboa.
Para uma melhor rentabilização do Aeroporto de Beja foi adjudicado o novo troço da auto-estrada (Autoestrada do Baixo Alentejo) que une o Porto de Sines a este novo aeroporto, de forma a torná-lo mais competitivo, unir a cidade do Baixo Alentejo, Beja, ao litoral e, desta forma, criar uma intermodalidade de serviços e transportes. Também com esta nova auto-estrada, o aeroporto de Beja, destinado a companhias aéreas de baixo custo, terá ligação não só com a capital, Lisboa, mas também com o Algarve.
A viagem inaugural aconteceu no dia 13 de abril de 2011 promovido pelo município de Ferreira do Alentejo. As obras da primeira fase de construção foram atribuídas à empresa construtora Sopol pela empresa de desenvolvimento do Aeroporto de Beja (EDAB).
