Foi um dos maiores vultos científicos do seu tempo. Contribuiu decisivamente para o desenvolvimento da navegação teórica, tendo-se dedicado, entre outros, aos problemas matemáticos da cartografia. Foi ainda inventor de vários instrumentos de medida, incluindo o nónio (nonius, o seu sobrenome em latim).
Traduziu para a língua portuguesa o Tratado da Esfera de Johannes de Sacrobosco (1537), os capítulos iniciais das Novas Teóricas dos Planetas de Georg von Peuerbach (por vezes referido como Jorge Purbáquio) e o livro primeiro da Geografia de Ptolomeu.
Em 1544 foi-lhe confiada a cátedra de matemática da Universidade de Coimbra, a maior distinção que se podia conferir, no país, à época, a um matemático.
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