A conjuntura de 1807
Depois das campanhas do Rossilhão e da Catalunha, a Espanha abandonara a aliança com Portugal, fazendo causa comum com o inimigo da véspera – a França de Napoleão. Resultou daí a invasão de 1801, em que a Grã-Bretanha de nada serviu a Portugal.
Enquanto o Corpo de Observação da Gironda penetrava em Portugal, sob o pretexto da proteção, o tratado de Fontainebleau entretanto assinado entre a França e a Espanha, retalhava Portugal em três principados. O plano de Napoleão era o de aprisionar a família real portuguesa, sucedendo ao Príncipe-regente D. João de Bragança (futuro Rei D. João VI), o que veio a suceder a Fernando VII de Espanha e a Carlos IV de Espanha em Baiona – forçar uma abdicação. Teria Portugal um Bonaparte no trono e, paralelamente, a Inglaterra apossar-se-ia das colónias do império ultramarino português, sobretudo a colónia do Brasil.
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O príncipe regente apenas no dia 23 de novembro recebeu a notícia da penetração de tropas francesas em território português. Convocou imediatamente o Conselho de Estado, que decidiu embarcar o quanto antes toda a família real e o governo, servindo-se da esquadra que estava pronta para o Príncipe da Beira e as infantas.
Nos três dias seguintes ainda se aprontaram outros navios, que viriam a transportar para o Brasil cerca de quinze mil pessoas. Em 26 de novembro, foi nomeada uma Junta Governativa do Reino para permanecer em Portugal, e difundidas Instruções aos governadores, nas quais se dizia que "quanto possível for", deviam procurar conservar em paz o reino, recebendo bem as tropas do imperador.
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A família real embarcara no dia 27 de novembro, tomando-se a bordo as últimas decisões. No dia 28 de novembro não foi possível levantar ferros, porque o vento soprava do Sul. Entretanto, as tropas francesas tinham já passado os campos de Santarém, pernoitando no Cartaxo. No dia 29 de novembro, o vento começou a soprar de nordeste, e bem cedo o Príncipe Regente ordenou a partida. Quatro naus da Marinha Real Britânica, sob o comando do capitão Graham Moore, reforçaram a esquadra portuguesa até o Brasil.
O general Junot entrou em Lisboa às 09.00 horas da manhã do dia 30 de novembro, liderando um exército de cerca 26 mil homens e tendo à sua frente um destacamento da cavalaria portuguesa, que se rendera e se pusera às suas ordens.