Eugene Merle Shoemaker (Los Angeles, 28 de Abril de 1928 - Alice Springs, 18 de Julho de 1997) foi um geólogo e astrónomo norte-americano e um dos fundadores do campo da ciência planetária, conhecido principalmente pela sua descoberta, em conjunto com a sua mulher Carolyn Shoemaker e o astrónomo David Levy, do Cometa Shoemaker-Levy 9.
Nascido em Los Angeles, Califórnia, era especialista em colisões interplanetárias. Graduou-se no California Institute of Technology, em Pasadena, aos 19 anos, com uma tese em petrologia em rochas metamórficas pré-câmbricas. Passou então a trabalhar para a United States Geological Survey (USGS) e o seu primeiro trabalho foi pesquisar depósitos naturais de urânio no Colorado e em Utah. Durante este trabalho passou a se interessar pela origem das crateras lunares e iniciou um trabalho em nível de Ph.D. na Universidade de Princeton, como continuidade de seus estudos sobre petrologia em rochas metamórficas, processos vulcânicos e impactos de asteróides.
Em 1951 casou com Carolyn Spellman, recebendo o mestrado (1954) e o doutoramento (1960) na Universidade de Princeton com uma tese sobre crateras produzidas por meteoritos. No ano seguinte passou a estudar astrogeologia em Flagstaff, Arizona, e esteve ligado às missões Lunar Ranger e ao treino dos astronautas norte-americanos. Tinha pretensões de se tornar no primeiro cientista a caminhar na Lua, mas foi detectado que sofria da doença de Addison e assim foi apontado cientista-chefe do Centro de Astrogeologia da USGS em 1965.
Retornou para a Caltech em 1969 como professor de geologia e serviu por três anos como director da Division of Geological and Planetary Sciences. Em 1985 aposentou-se como professor e passou a dividir seu tempo entre Pasadena e Flagstaff. Em 1992 recebeu a mais importante honra científica atribuída pelo presidente dos EUA, a National Medal of Science. Aposentou-se da USGS em 1993 e assumiu um cargo no Observatório Lowell. Nesse mesmo ano, junto com sua mulher Carolyn e o amigo David Levy, descobriu o cometa Shoemaker-Levy 9, que se chocou com Júpiter em 1994.
Eugene Shoemaker morreu em consequência de um acidente automobilístico em Alice Springs, Austrália, em 1997. Algumas de suas cinzas foram levadas para a Lua pela sonda espacial Lunar Prospector. É, à data, a única pessoa a ter sido enterrada em outro corpo celeste.
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