No dia da transferência de poder, Gandhi não celebrou a independência com o resto da Índia, mas ao contrário, lamentou sozinho a partilha do país em Calcutá.
Gandhi tinha iniciado um jejum no dia 13 de janeiro de 1948 em protesto contra as violências cometidas por hindus e muçulmanos. No dia 20 daquele mês, sofreu um atentado: uma bomba foi lançada na sua direção, mas ninguém ficou ferido.
Entretanto, no dia 30 de janeiro de 1948, Gandhi foi assassinado a tiros, em Nova Déli, por Nathuram Godse, um hindu radical que responsabilizava Gandhi pelo enfraquecimento do novo governo ao insistir no pagamento de certas dívidas ao Paquistão. Godse foi depois julgado, condenado e enforcado, a desrespeito do último pedido de Gandhi, que foi justamente a não-punição do seu assassino.
O corpo do Mahatma foi cremado e as suas cinzas foram atiradas ao sagrado rio Ganges.
É significativo sobre a longa busca de Gandhi pelo seu deus interior o facto das suas últimas palavras serem um mantra popular na conceção hindu de um deus conhecido como Rama: "Hai Ram!" Este mantra é visto como um sinal de inspiração, tanto para o espírito como para o idealismo político, associado a uma possibilidade de paz na unificação.