Em 14 de maio de 1847, Berlim, Alemanha, a irmã Fanny de Mendelssohn morre, após um ataque de apoplexia. Os seus pais haviam morrido alguns anos antes, em 1835 e em 1842, e a morte de Fanny causou um grande impacto no compositor. Mendelssohn morreu no dia 4 de novembro de 1847, seis meses após a morte da irmã, devido a um derrame cerebral.
Uma paixão não correspondida pela soprano sueca Jenny Lind pode ter contribuído para a morte de Felix Mendelssohn. Essa é a tese levantada por uma jornalista do The Independent, Jessica Duchen. A tese tem por base um documento depositado nos arquivos da Royal Academy of Music, em Londres: uma declaração do marido de Jenny Lind, Otto Goldschmidt, confessando ter destruído uma carta de Mendelssohn para Jenny, que teria o poder de macular profundamente as reputações da sua mulher e de Mendelssohn. Na carta o compositor teria declarado amor ardente por ela, implorando que ela fugisse com ele para os Estados Unidos e ameaçando suicídio caso ela recusasse. Supõe-se que Jenny, efetivamente, recusou. Meses depois, Mendelssohn estava morto.
Charles Rosen, no seu livro A Geração Romântica deprecia Mendelssohn como "kitsch religioso". Essa opinião reflete um contínuo desprezo pela estética musical por parte de Richard Wagner e seus seguidores. Na Inglaterra, a reputação de Mendelssohn manteve-se em alta durante muito tempo. A Rainha Vitória demonstrou o seu entusiasmo, quando, no Crystal Palace, foi colocada, em 1854, uma estátua de Mendelssohn.
