Os católicos tradicionalistas acusam o Concílio de, em vez de trazer uma lufada de ar fresco para Igreja, ser uma das causas principais da atual "crise na Igreja", que é caracterizado, como por exemplo, na "corrupção da fé e dos costumes", no declínio do número das vocações sacerdotais e de católicos praticantes e na perda de influência da Igreja no mundo ocidental. Sobre esta mesma crise eclesial, alguns teólogos modernistas, como Andrés Torres Queiruga (que nega a ressurreição real de Cristo) alegam que a sua causa principal "é a infidelidade ao Concílio Vaticano II e o medo das reformas exigidas".
O Papa João Paulo II, em 1995, afirma que não há rutura:
“ | Graças ao sopro do Espírito Santo, o Concílio lançou as bases de uma nova primavera da Igreja. Ele não marcou a rutura com o passado, mas soube valorizar o património da inteira tradição eclesial, para orientar os fiéis na resposta aos desafios da nossa época. À distância de trinta anos [do Concílio], é mais do que nunca necessário retornar àquele momento de graça. | ” |
Em 2000, João Paulo II afirmou também que:
“ | A "pequena semente", que João XXIII lançou [no Concílio], cresceu e deu vida a uma árvore que já alarga os seus ramos majestosos e frondosos na Vinha do Senhor. Ele já deu numerosos frutos nestes 35 anos de vida e ainda dará muitos outros nos anos vindouros. Uma nova estação abre-se diante dos nossos olhos: trata-se do tempo do aprofundamento dos ensinamentos conciliares, o período da colheita daquilo que os Padres conciliares semearam e a geração destes anos cuidou e esperou. O Concílio Ecuménico Vaticano II constitui uma verdadeira profecia para a vida da Igreja; e continuará a sê-lo por muitos anos do terceiro milénio há pouco iniciado. A Igreja, enriquecida com as verdades eternas que lhe foram confiadas, ainda falará ao mundo, anunciando que Jesus Cristo é o único verdadeiro Salvador do mundo: ontem, hoje e sempre! | ” |
Em 2005, o Papa Bento XVI defendeu também a mesma ideia do seu predecessor, dizendo que:
“ | Quarenta anos depois do Concílio podemos realçar que o positivo é muito maior e mais vivo do que não podia parecer na agitação por volta do ano de 1968. Hoje vemos que a boa semente, mesmo desenvolvendo-se lentamente, cresce todavia, e cresce também assim a nossa profunda gratidão pela obra realizada pelo Concílio. [...] Assim podemos hoje, com gratidão, dirigir o nosso olhar ao Concílio Vaticano II: se o lemos e recebemos guiados por uma justa hermenêutica, ele pode ser e tornar-se cada vez mais uma grande força para a sempre necessária renovação da Igreja. | ” |