Iniciou a sua carreira musical quando foi selecionado, ainda menino, por sua bela voz, para o coro do Landgrave Maurício de Hesse-Kassel, e ali recebeu o seu primeiro treino. Mais tarde o seu patrono matriculou-o na Universidade de Marburg, e depois o enviou para estudar com Giovanni Gabrieli, na Itália. Ao retornar, em 1613, com os ensinamentos recebidos, introduziu importantes inovações no vocabulário musical da Alemanha.
Passou os quatro anos seguintes exercendo a função de organista, em Kassel, e saiu deste serviço para assumir a posição de Kapellmeister na corte de Dresden. Ali casou-se e tornou-se amigo de Johann Hermann Schein. Em 1629 voltou para a Itália a fim de comprar instrumentos e estudar a música teatral de Monteverdi. Como a Guerra dos Trinta Anos estava devastando Alemanha, Schütz foi obrigado, no seu regresso, a buscar colocação noutro local, e encontrou emprego em Hamburgo, e depois em Copenhaga. Terminada a guerra, reassumiu as suas funções em Dresden, onde se aposentou em 1651, retirando-se para sua casa de campo, onde faleceu.