De possível origem judaica, o seu prestígio foi tal que, não obstante a sua ascendência, não foi importunado pela inquisição.[7] Os seus netos, Matias Pereira e Pedro Nunes Pereira, todavia, foram detidos, interrogados e condenados pelo Santo Ofício, sob a acusação de judaísmo. O primeiro esteve detido de 31 de Maio de 1623 a 4 de Junho de 1631; o segundo, em Lisboa, de 6 de Junho de 1623 a 1632.
Iniciou os estudos universitários em 1517, tendo ingressado na Universidade de Salamanca e na Universidade de Lisboa (que mais tarde veio a ser transferida para Coimbra, transformando-se na Universidade de Coimbra) onde obteve a graduação em medicina em 1525.[7][8] No século XVI a Medicina recorria à Astrologia, vindo assim a dominar as disciplinas de Astronomia e Matemática. Posteriormente prosseguiu os seus estudos de Medicina, mas também leccionou várias disciplinas na Universidade de Lisboa, incluindo Moral, Filosofia, Lógica e Metafísica. Quando, em 1537, a universidade retornou para Coimbra, ele transferiu-se para a refundada Universidade de Coimbra para lecionar matemática, cargo que manteve até 1562. À época, esta era uma disciplina nova naquela instituição, tendo sido criada com o intuito de fornecer as instruções técnicas necessárias para a navegação, que se tornara um tópico vital no país, à época. A matemática tornou-se uma disciplina independente em 1544.
Além de se dedicar ao ensino, foi nomeado Cosmógrafo Real em 1529 e tornou-se o primeiro Cosmógrafo-mor do Reino em 1547, cargo que exerceu até seu falecimento, e onde foi sucedido por Tomás de Orta.
Em 1531, João III de Portugal deu-lhe o encargo de aio, encarregando-o da educação dos seus irmãos mais novos Luís e Henrique. Anos depois, foi também responsável pela educação do neto do rei, e futuro rei, D. Sebastião.
É possível que durante a sua estadia em Coimbra, Christopher Clavius tenha assistido às aulas de Pedro Nunes, sendo assim influenciado pelo seu trabalho.


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