O trágico fim de John Francis Anthony Pastorius III inicia-se em 11 de setembro de 1987. Após um show de Carlos Santana, dirigiu-se ao Midnight Bottle Club, em Wilton Manors, Florida. Após ter um comportamento exibicionista e arrogante, entra em uma disputa com o segurança do clube, chamado Luc Havan. Como resultado desta, sofre traumatismo craniano e entra em coma durante dez dias. Depois dos aparelhos de suporte de vida serem desligados, o seu coração ainda bateu durante três horas. A sua morte dá-se a 21 de setembro de 1987, faltando 10 semanas para completar 36 anos. Foi enterrado no cemitério Queen of Heaven, em North Lauderdale. O segurança do clube, Luc Havan, foi acusado de assassinato de segundo grau, mas depois se declarou culpado de homicídio culposo. Ele foi condenado a 22 meses de prisão e cinco anos de liberdade condicional, que levava em conta o tempo já cumprido. Quatro meses depois, ele foi libertado, por bom comportamento.
A biografia “Jaco: The Extraordinary and Tragic Life of Jaco Pastorius” escrita por Bill Milkowski reúne relatos e fotos da vida desse genial artista.
Uma das maiores homenagens que lhe foi prestada foi feita pelo trompetista Miles Davis, que gravou a música Mr. Pastorius, composição do baixista Marcus Miller, lançada no álbum Amandla.
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