Desde pequeno era muito piedoso e desejou tornar-se monge, a sua família porém enviou-o para a corte do imperador
Carlos V.
Ali se destacaria acompanhando o imperador nas suas campanhas e
casando-se com uma nobre portuguesa: Eleonor de Castro Melo e Menezes,
com a qual teve oito filhos: Carlos, Isabel, João, Álvaro, Fernando,
Afonso, Joana e Dorotéia.
Nobre e considerado "grande de Espanha", em 1539 escoltou o corpo da imperatriz
Isabel de Portugal ao seu túmulo em
Granada.
Diz-se que, quando viu o efeito da morte sobre o corpo daquela que
tinha sido uma bela imperatriz, decidiu "nunca mais servir a um senhor
que me possa morrer". Ainda jovem foi nomeado vice-rei da
Catalunha,
província que administrou com grande eficiência. Quando o seu pai
morreu, recebeu por herança o título de
Duque de Gandía, retirou-se
para a sua terra natal e aí levaria, com a sua família, uma vida
entregue puramente à religião.
Em 1546 a sua esposa Eleanor morreu e Francisco decidiu entrar na recentemente fundada
Companhia de Jesus.
Ajustou as contas com os seus assuntos mundanos, renunciou aos seus
títulos em favor do seu primogénito, Carlos e, imediatamente, foi-lhe
oferecido o título de cardeal. Recusou, preferindo a vida de um
pregador itinerante. Os seus amigos conseguiram convencê-lo a aceitar o
título para aquilo que a natureza e as circunstâncias o haviam
predestinado: em 1554, converteu-se no Comissário Geral dos Jesuítas na
Espanha, e em 1565, em
Superior Geral da Ordem.
Em 1565, a Congregação Geral II de Jesuítas se curvou
evidentemente na eleição pelo enorme prestígio do outrora Duque de
Gandia. O eleito revisou as regras da Ordem e, por influência das
práticas de certos jesuítas espanhóis, aumentou o tempo dedicado à
oração. Preocupou-se que cada Província tivesse o seu noviciado:
pessoalmente fundou o Noviciado de Sant'Andrea al Quirinale, no qual se formaram S. Estanislau Kostka, o pregador polaco Piotr Skarga e o futuro Padre Geral Cláudio Aquaviva.
Uma das tarefas mais delicadas deste governo foi negociar com São Pio V,
o qual desejava reintroduzir a função litúrgica cantada na Companhia.
De facto, esta medida começou em maio de 1569, mas somente nas casas
professas e sem interferir em outras tarefas. É por isso que todos os
jesuítas deveriam exercer três votos solenes até que o Papa Gregório XIII restaurou a prática original tal como estava nas Constituições escritas por Santo Inácio.
Os Colégios prosperaram: de 50 em 1556 passaram a 163 em 1574. Borja promulgou a primeira Ratio Studiorum em 1569. Para seu governo apoiou visitantes. Iniciou-se a remodelação da Igreja de Jesus, em Roma. O Geral seguiu de muito perto a evolução da Contrarreforma na Alemanha. Muitas fundações jesuítas serviram para reforçar a causa católica.
Deu grande impulso às missões. Uma expedição missionária enviada por ele ao Brasil foi exterminada pelos protestantes em alto-mar (Inácio de Azevedo e seus companheiros mártires, em 5 de junho de 1570).
Borja recebeu missões especiais de Sua Santidade, assim como com Laínez. De viagem a Portugal e Espanha
- apesar de acusações - foi muito recetivo. Tomou conta de negócios da
Companhia e delicados cargos diplomáticos nas cortes. A volta à Roma foi
difícil; chegou à Cidade Eterna em situação má, mas feliz por ter
obedecido até ao fim. Morreu em 1572.
Durante a sua chefia o número de jesuítas se expandiu de 1.000 para 4.000.
Em 1671, foi
canonizado.
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