Naquela tarde, reforçado por homens da 36ª Divisão Waffen Grenadier da SS, uma unidade composta na sua maioria de ex-criminosos recrutados para combate anti-guerrilha, o batalhão entrou em Khatyn e retirou todos os habitantes das suas casas, acordando-as com a ponta de rifles e colocando-os num grande barracão, que teve as suas portas trancadas, foi coberto com palha e incendiado. As pessoas aprisionadas do lado de dentro que tentavam escapar, forçando as portas, eram mortas a tiros de metralhadora. 140 pessoas, incluindo 75 crianças, foram assassinadas. A vila foi então saqueada e queimada até o chão. Apenas três crianças conseguiram escapar do cerco, escondendo-se nas redondezas. A mais jovem morta tinha apenas sete semanas de vida.
De entre os que foram aprisionados, Viktor Zhelobkovich, um menino de sete anos, conseguiu sobreviver ferido debaixo do corpo de sua mãe. Outro, Anton Baranovsky, de 12 anos, foi dado como morto por ter uma perna ferida e também escapou. O único adulto sobrevivente, Yuzif Kaminsky, queimado e ferido à bala, recobrou a consciência após os assassinos terem se retirado. Ele teria encontrado o seu filho no meio dos corpos, totalmente queimado e ferido, mas ainda vivo, e a criança morreu nos seus braços. Esse incidente foi depois reproduzido com uma estátua de ambos, no Memorial de Khatyn.
Memorial
Khatyn tornou-se um símbolo do genocídio da população civil durante as lutas entre guerrilheiros, tropas invasores e colaboradores. Em 1969 ele foi nomeado como memorial de guerra nacional da então República Socialista Soviética da Bielorrússia. Entre os símbolos mais conhecidos dentro do complexo do memorial, há um monumento com três bétulas e uma chama eterna no lugar de uma quarta, que representa um tributo a um em cada quatro bielorrussos que morreram durante a II Guerra. Há também uma estátua de Yuzif Kaminsky carregando o seu filho morto e uma grande parede com nichos que representam as vítimas dos campos de concentração, os maiores deles representando os com mais de 20 mil vítimas. Sinos tocam a cada 30 segundos, para lembrar a taxa de tempo em que cada vida de um bielorrusso foi perdida no período de tempo da guerra.
Entre os líderes mundiais que já visitaram o Memorial, encontram-se Richard Nixon, ex-presidente dos Estados Unidos, Fidel Castro de Cuba, Rajiv Gandhi ex-primeiro-ministro da Índia, Yasser Arafat e Jiang Zemin, ex-presidente da China.