Enveredando pela carreira administrativa, conheceu um percurso admirável e algo fulgurante. Em
1926, é o sub-prefeito mais jovem da França e, 11 anos mais tarde, o prefeito mais novo, quando da sua nomeação para o
departamento de
Aveyron.
Nestas funções, em junho de 1940, durante a ocupação, negou-se a
assinar um documento que os nazis lhe apresentaram, que acusava as
tropas francesas de cor (das colónias africanas) de cometerem
atrocidades. Perante esta recusa, o governo colaboracionista de
Vichy destituiu-o das suas funções, o que o impeliu a partir para
Londres nos finais de
1941.
Na capital britânica, De Gaulle nomeou-o delegado pela zona não
ocupada de França, tendo como missão reunir e organizar os vários
movimentos de resistência, às ordens do Comité de Londres. A atuação de
Moulin levou à formação, em maio de 1943, do Conselho Nacional da
Resistência, do qual foi o primeiro presidente.
No mesmo ano, por uma traição, cai nas mãos da Gestapo, na localidade de Caluire,
juntamente com outros chefes das principais organizações da
Resistência, no primeiro dia do verão de 1943. Foi levado e preso na
prisão de Montluc, onde foi interrogado e torturado, mas com a firme
resistência de Moulin em não fornecer informações, foi transferido para
Alemanha onde morreu durante a transferência, em 8 de julho.
No Panteão de Paris desde 1964 há um cenotáfio em sua homenagem, o qual todavia não contém seus restos mortais - que nunca foram encontrados.