Frequentou a Escola António Arroio, onde fez amizade com Mário Cesariny, Marcelino Vespeira, Júlio Pomar e Fernando Azevedo.
Em meados da década de 40 aproxima-se do neorrealismo, de que se afasta quando adere aos princípios do surrealismo. Juntamente com Mário Cesariny, António Maria Lisboa, Carlos Calvet, Pedro Oom e Mário-Henrique Leiria, entre outros, integra o grupo Grupo Surrealista de Lisboa, resultante da cisão do recém formado movimento surrealista português. Participa na exposição desse grupo em 1949 (1ª exposição dos Surrealistas, Lisboa).
Em 1950 alista-se na Marinha Mercante e viaja até África, Índia e Ásia. Em 1951 fixa-se em Angola, desenvolvendo atividade no Museu de Luanda. Data desse tempo o início da sua produção poética. Realiza as primeiras exposições individuais, que levantam um acalorado movimento de opinião (a primeira de desenhos sobre a evocação de Aimé Cesaire, em 1953; a segunda principalmente de «objetos» e «colagens», 1957).
Regressa a Portugal em 1964. Em 1966 é convidado por Natália Correia a ilustrar a célebre obra "Antologia de Poesia Portuguesa Erótica e Satírica".
Recebe uma bolsa da Fundação Calouste Gulbenkian em 1967. Nesse mesmo ano realiza uma pequena retrospetiva na Galeria Buchholz (com folha volante de Pedro Oom e prefácio de Rui Mário Gonçalves) e expõe na Galeria Divulgação, Porto. Em 1970 expõe individualmente na Galeria de S. Mamede, Lisboa, um conjunto de desenhos "de uma imagética cruel, ilustrações possíveis de Lautréamont".
Trabalha como programador nas Galerias 111 e São Mamede, Lisboa. Viaja pela Europa; entra em contacto com membros do surrealismo internacional. Radica-se no Algarve na década de 80, trabalhando como programador de diversas galerias. Colabora em revistas internacionais ligadas ao surrealismo, a que sempre se manteve fiel.
O traço certeiro de Cruzeiro Seixas, "de limites apurados e atmosferas de vertigem […] edifica um mundo desolador em que a face onírica e literária não esconde a violência do conjunto, destruindo toda a possibilidade de quietude". Mas essa noite primordial e inquietante "soube coexistir com paisagens mais ligeiras e felizes, como algumas das pintadas nos anos de Angola, e com citações plásticas da história da arte, num jogo de grande prazer plástico, bem como com objetos dotados de flagrante poética, na sua simplicidade de materiais, de técnicas e no sobressalto imaginativo".
A 8 de junho de 2009, foi agraciado com o grau de Grande-Oficial da Antiga, Nobilíssima e Esclarecida Ordem Militar de Sant'Iago da Espada, do Mérito Científico, Literário e Artístico.
Viveu os últimos tempos da sua vida na Casa do Artista, em Lisboa.
Morreu, a 8 de novembro de 2020, no Hospital de Santa Maria, em Lisboa.
é isto de sermos gente.
Se temos só duas pernas
temos em contrapartida
uma complicação escura
dentro do peito.
Qualquer coisa como
os fundos desconhecidos
da água
só conhecidos
dos náufragos.
Para matar
é preciso uma arma
e para voar
como búzios
precisamos papel e lápis
— e assim viajamos
dentro de vegetais malas de viagens
procurando o destino sufocante
de todas as paragens.
in Homenagem à Realidade (2005) - Cruzeiro Seixas
