Biografia
Pertencia a uma família da burguesia rural, anticlerical e anti-salazarista. Aos quinze anos, para prosseguir os estudos liceais, transfere-se com a família para Lisboa, a capital do Império, tendo estudado no Colégio Moderno, de onde seria expulso.
É dos poucos cineastas associados ao movimento do novo cinema que não prossegue estudos universitários. A propósito, o seu alter-ego, no filme Fragmentos de um Filme Esmola (1973), explica-se assim: A escola é a retrete cultural do opressor.
Começa a trabalhar como assistente de realização de Perdigão Queiroga. Em 1963, graças a uma bolsa da Fundação Calouste Gulbenkian, vai para a Grã-Bretanha estudar na London School of Film Technique. De volta a Portugal, em 1965, inicia a rodagem do que viria a ser a sua primeira obra: Quem espera por sapatos de defunto morre descalço. O filme só será concluído cinco anos depois, como média-metragem.
A sua obra, polémica e dificilmente classificável, caracteriza-se pelo lirismo, em forma de filmes-poema. A sua veia satírica como realizador tem sido objeto de estudo para portugueses e estrangeiros, críticos e académicos. João César Monteiro, que tem sérios detratores, é conhecido como um dos mais importantes realizadores portugueses.
Morreu de cancro em 2003.