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Em 15 de setembro de 2004 morreu em Los Angeles, depois de 5 anos lutando contra um cancro da próstata. Encontra-se sepultado no Hollywood Forever Cemetery, Hollywood, Condado de Los Angeles, Califórnia nos Estados Unidos.[1]
Em 2003, a revista Time colocou-o na lista dos "10 Melhores Tocadores de Guitarra Elétrica". No mesmo ano, a 27 de agosto de 2003, a revista Rolling Stone colocou-o em 16º na lista dos "100 melhores guitarristas de todos os tempos", mas, em 2011, a Rolling Stone modificou a lista dos 100 melhores guitarristas de todos os tempos, tendo passado para o lugar 28º de melhor guitarrista da história do rock.
Desde a morte de Johnny, Eddie Vedder dedica-lhe, em todas performances ao vivo, a canção Man of the Hour.