Em 1990, Puglisi regressou ao seu antigo bairro Brancaccio e tornou-se pároco da Paróquia de San Gaetano. Ele se manifestou contra a máfia que controlava a área e abriu um abrigo para crianças carentes. Puglisi havia recebido outras paróquias da cúria local, em bairros menos problemáticos de Palermo, mas ele optou por San Gaetano.
Com pouco apoio da arquidiocese de Palermo, Puglisi tentou mudar a mentalidade de seus paroquianos, que estava condicionada pelo medo, pela passividade e pela palavra omertà (silêncio imposto). Nos seus sermões, ele apelou para dar pistas às autoridades sobre as atividades ilícitas da Máfia em Brancaccio, mesmo que não conseguissem citar nomes. Ele recusou o dinheiro deles quando oferecido para as celebrações tradicionais dos dias de festa e não permitiu que os "homens de honra" da Máfia marchassem à frente das procissões religiosas.
Ele tentou desencorajar as crianças a abandonarem a escola, roubarem, traficarem drogas e venderem cigarros contrabandeados. Ignorou uma série de avisos e recusou-se a adjudicar um contrato a uma construtora que lhe tinha sido "indicada" pela Máfia para a restauração da igreja, onde o telhado estava a ruir. Aos paroquianos que tentaram reformar a questão foram enviadas mensagens fortes. Um pequeno grupo que se organizou para a melhoria social encontrou as portas das suas casas incendiadas, os seus telefones recebendo ameaças e as suas famílias avisadas de que coisas piores estavam por vir.
Morto em 15 de setembro de 1993 – aniversário de 56 anos de Puglisi – ele foi morto fora de sua casa por um único tiro à queima-roupa. Ele foi levado inconsciente para um hospital local, onde os cirurgiões não conseguiram reanimá-lo. O assassinato foi ordenado pelos chefes da máfia local, os irmãos Filippo e Giuseppe Graviano. Um dos assassinos que mataram Puglisi, Salvatore Grigoli, mais tarde confessou e revelou as últimas palavras do padre quando seus assassinos se aproximaram: "Eu estava esperando por você."
O assassinato de Puglisi chocou a Itália. Houve um apelo imediato de oito padres em Palermo para que o papa viajasse a Palermo para estar presente no seu funeral. O Papa João Paulo II, porém, estava programado para estar na Toscana naquela data e não compareceu ao serviço fúnebre. Na missa fúnebre, o arcebispo de Palermo, cardeal Salvatore Pappalardo, pronunciou-se fortemente contra a máfia, fazendo eco às palavras do Papa numa visita a Agrigento, na Sicília, poucos meses antes.
Em 14 de abril de 1998, os mafiosos Gaspare Spatuzza, Nino Mangano, Cosimo Lo Nigro e Luigi Giacalone foram condenados à prisão perpétua pelo assassinato de Puglisi. Os irmãos Graviano também foram condenados à prisão perpétua por ordenarem o assassinato.in Wikipédia