Inicialmente a peça pareceu não ter agradado o público vienense, mas não demorou muito para que a situação se invertesse, e a ópera passasse a ser aclamada por pessoas que não se cansavam de lotar o teatro onde ela estava sendo apresentada todas as noites, como comenta Mozart numa de suas cartas à esposa:
Ao voltar da Ópera, com a maior satisfação e sentimento de alegria, encontrei sua carta. Ainda que sábado, por ser dia de Correio, seja um mau dia, a Ópera foi apresentada toda com teatro lotado, e os aplausos e repetições de costume. Amanhã será apresentada novamente (…)O sucesso da Flauta Mágica ajudou a melhorar o ânimo do compositor e resultou numa ligeira melhoria da sua saúde, debilitada desde que ficara doente, semanas antes da estreia da peça, em Praga. Numa de suas cartas endereçadas à esposa, Constanze, Mozart demonstra sua satisfação quanto ao sucesso da ópera:
Estou voltando da Ópera; o teatro estava lotado, como sempre – o dueto ‘Marido e esposa, etc.’ E a música dos sininhos, no primeiro ato, como de costume, foram repetidos – também o Terceto dos meninos, no 2º ato. – Mas o que mais me alegra é o aplauso constante! – Vê-se perfeitamente que essa ópera cresce sempre mais, e intensamente.Dias depois, o compositor Antonio Salieri e a cantora Catarina Cavalieri foram recebidos por Mozart, que os levou para apreciar a sua mais nova obra, que os deixou bastante impressionados, como explica na carta escrita à esposa no dia 14 de outubro de 1791:
Tu não podes imaginar o quanto os dois [Salieri e Cavalieri] foram amáveis, o quanto lhes agradou, não apenas a minha música, mas também o libreto e todo o conjunto. – Disseram ambos: ‘É uma Ópera digna de ser apresentada nas mais importantes festividades, diante dos maiores monarcas. E eles, certamente vê-la-iam outras vezes, pois jamais viram espetáculo mais belo, nem mais agradável.’ – Ele ouviu e observou com a maior atenção desde a abertura até o último coro, não houve um trecho que não tivesse arrancado deles um ‘bravo’ ou ‘bello’. E eles não se cansavam de dirigir-me intermináveis agradecimentos por esse favor.De facto o desejo de Salieri e Cavalieri concretizou-se, pois cerca de um ano após a sua estreia, a ópera celebrou a sua centésima apresentação, em novembro de 1792, mas Mozart não teve o prazer de presenciar esse marco, pois morreu no dia 5 de dezembro de 1791. Até hoje a ópera é uma das mais apreciadas pelo público alemão, como comenta o compositor Richard Wagner:
Os alemães jamais se cansaram de venerar o surgimento desta obra. Até então a ópera alemã praticamente jamais existira; ela foi criada com esta obra. A quinta essência dos mais nobres botões da arte fundiram-se aqui em uma única flor. Que mágica dívida sopra nesta obra, da mais popular canção ao hino mais sublime! Que versatilidade, que diversidade!