Após uma visita ao Mosteiro da Batalha (que se encontrava abandonado, depois das extinção das ordens religiosas), D. Fernando passa a dedicar parte das suas preocupações à causas de cariz nacionalistas com a proteção do património arquitetónico português edificado, tendo também impulsionado aspetos culturais e financeiros, a par do estímulo à ação desenvolvida por sociedades eruditas, como projetos de restauração e manutenção respeitantes não só a vila da Batalha, mas também ao Convento de Mafra, Convento de Cristo, em Tomar, ao Mosteiro dos Jerónimos, Sé de Lisboa, e Torre de Belém.
Como amante de pintura que era, colaborou com algumas gravuras de sua autoria, na Revista Contemporânea de Portugal e Brasil (1859-1865).
A Custódia de Belém foi tomada como saque pelas tropas francesas durante a Guerra Peninsular, sendo levada para França, sendo devolvida após o termo da guerra. Foi enviada para a Casa da Moeda, aparentemente para fusão, destino do qual foi resgatada pela intervenção de D. Fernando de Saxe-Coburgo-Gotha, rei consorte de Portugal pelo seu casamento com a rainha D. Maria II de Portugal.