Chico Science morreu no final da tarde de um domingo do dia 2 de fevereiro de 1997, num acidente de automóvel quando dirigia o carro da sua irmã de Recife para Olinda. Às 18.30, ele estava sozinho ao volante na estrada quando o seu carro chocou com um poste depois que um outro veículo teria fechado a passagem do Uno.
Science ainda foi socorrido por um polícia que estava passando num autocarro e que o levou ao Hospital da Restauração, mas o jovem cantor e compositor não resistiu e chegou ao hospital morto. O enterro aconteceu na segunda-feira do dia 3 de fevereiro de 1997, no Cemitério de Santo Amaro, localizado no Recife. A família de Chico Science recebeu indemnização de cerca de 10 milhões de reais da montadora Fiat, responsabilizada pela morte do cantor e compositor no acidente, devido a falhas no cinto de segurança do carro que dirigia e que poderia ter-lhe poupado a vida. Ano após ano, seu túmulo é visitado por fãs e admiradores da sua obra e de seu legado.