Segundo a Bíblia, no livro de Mateus 2,13-18, estes acontecimentos ocorreram no tempo do Rei Herodes, o qual teria mandado matar todas as crianças de até dois anos, com receio de perder o seu trono para o futuro rei dos judeus.
Tornou-se costume em várias culturas montar um presépio quando é chegada a época de Natal. Variam em tamanho, alguns em miniatura, outros em tamanho real.
O primeiro presépio do mundo teria sido montado em argila por São Francisco de Assis em 1223. Nesse ano, em vez de festejar a noite de Natal na Igreja, como era seu hábito, o Santo fê-lo na floresta da cidade de Greccio, na Itália, para onde mandou transportar uma manjedoura, um boi e um burro, para melhor explicar o Natal às pessoas comuns, camponeses que não conseguiam entender a história do nascimento de Jesus.
O costume espalhou-se por entre as principais Catedrais, Igrejas e Mosteiros da Europa durante a Idade Média, começando a ser montado também nas casas de Reis e Nobres já durante o Renascimento. Em 1567, a Duquesa de Amalfi mandou montar um presépio que tinha 116 figuras para representar o nascimento de Jesus, a adoração dos Reis Magos e dos pastores ao Menino Jesus e o cantar dos anjos.
Foi já no século XVIII que o costume de montar o presépio nas casas comuns se disseminou pela Europa e depois pelo mundo.