Foi casado com a atriz Natasha Richardson entre 3 de julho de 1994 até a sua morte, em 18 de março de 2009, quando Richardson sofreu graves ferimentos na cabeça em um acidente de esqui no Resort Monte Tremblante, na Província canadense de Quebec. O casal teve dois filhos: Micheál (nascido em 1995) e Daniel (nascido em 1996). Neeson vive em Millbrook, Nova Iorque.
Fumava excessivamente no início de sua carreira, mas conseguiu parar de fumar. Quando fez o papel de Hannibal Smith para um filme baseado na série The A-Team (Esquadrão Classe A, no Brasil) Neeson teve reservas para fumar (que é uma característica do personagem Hannibal Smith) no filme por ser um ex-fumante, mas concordou em manter esse traço da personalidade de Hannibal para o filme.
Neeson foi condecorado como cidadão honorário na cidade de Ballymena, mas após revelar ter-se sentido como um "cidadão de segunda classe" por ser católico porquanto crescera naquela cidade, foi acusado por membros do Partido Unionista Democrático e renunciou à honraria.
Neeson continua a praticar e professar o catolicismo, tendo educado os seus filhos como católicos. Expressou profunda admiração pelos Exercícios Espirituais de Inácio de Loyola.
Foi nomeado oficial da Ordem do Império Britânico pela rainha Isabel II, na Lista de 1999. O Fundo Americano-Irlandês homenageou Liam Neeson com seu Prémio de Artes Cénicas pela grande distinção que ele trouxe para a Irlanda no seu Jantar de Gala de 2008 em Nova Iorque.
