Originário do País de Gales, estudou na Royal Academy of Dramatic Art, onde conheceu a sua esposa, a actriz inglesa Kate Fahy, em 1974. Iniciou a sua carreira no teatro na década de 70, obtendo grande sucesso numa performance de Hamlet no Royal Court Theatre. O seu sucesso levou-o a diversos papeis no cinema e na televisão, dentre os quais se destaca a actuação em Brazil, filme de culto de Terry Gilliam.
Elogiado pela crítica pela sua versatilidade, Pryce participou em grandes produções do cinema americano, como Evita, onde interpreta o ex-presidente argentino Juan Domingo Perón. Também atuou em Tomorrow Never Dies, Pirates of the Caribbean e The New World, assim como em projetos independentes como Glengarry Glen Ross e Carrington. A sua carreira no teatro também foi prolífica, e conquistou dois prémios Tony - o primeiro em 1977, pela sua estreia na Broadway, em Comedians, e o segundo pelo seu papel como "O Engenheiro", na versão de 1991 do musical Miss Saigon.
Jonathan Pryce entrou no elenco da série Game of Thrones, a partir de 2015, num papel de destaque.
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