Aristides instala-se em Lisboa em 1907 após a licenciatura em Direito pela Universidade de Coimbra, tal como o seu irmão gémeo. Ambos enveredaram pela carreira diplomática. Em 1909 nasceu seu primogénito, tendo ao todo 14 filhos com a sua mulher Angelina.
Aristides ocupou diversas delegações consulares portuguesas pelo mundo fora, entre elas: Zanzibar, Brasil, Estados Unidos, Guiana, entre outras.
Em 1929 é nomeado Cônsul-geral em Antuérpia, cargo que ocupa até 1938. O seu empenho na promoção da imagem de Portugal não passa despercebido. É condecorado por duas vezes por Leopoldo III, rei da Bélgica, tendo-o feito oficial da Ordem de Leopoldo e comendador da Ordem da Coroa, a mais alta condecoração belga. Durante o período em que viveu na Bélgica, conviveu com personalidades ilustres, como o escritor Maurice Maeterlinck, Prémio Nobel da Literatura, e o cientista Albert Einstein, Prémio Nobel da Física.
Depois de quase dez anos de serviço na Bélgica, Salazar, presidente do Conselho de Ministros e ministro dos negócios estrangeiros, nomeia Sousa Mendes cônsul em Bordéus, França.
A II Guerra Mundial
Aristides de Sousa Mendes permanece ainda cônsul de Bordéus quando tem início a Segunda Guerra Mundial, e as tropas de Adolf Hitler avançam rapidamente sobre a França. Salazar manteve a neutralidade de Portugal.
Pela Circular 14, Salazar ordena aos cônsules portugueses espalhados pelo mundo que recusem conferir vistos às seguintes categorias de pessoas: "estrangeiros de nacionalidade indefinida, contestada ou em litígio; os apátridas; os judeus, quer tenham sido expulsos do seu país de origem ou do país de onde são cidadãos".
Entretanto, em 1940, o governo francês refugiou-se temporariamente na cidade de Vichy, fugindo de Paris antes da chegada das tropas alemãs. Milhares de refugiados que fogem do avanço Nazi dirigiram-se a Bordéus. Muitos deles afluem ao consulado português desejando obter um visto de entrada para Portugal ou para os Estados Unidos, onde Sousa Mendes, o cônsul, caso seguisse as instruções do seu governo, distribuiria vistos com parcimónia.
Já no final de 1939, Sousa Mendes tinha desobedecido às instruções do seu governo e emitido alguns vistos. Entre as pessoas que ele tinha então decidido ajudar encontra-se o Rabino de Antuérpia, Jacob Kruger, que lhe faz compreender que há que salvar os refugiados judeus.
A 16 de junho de 1940, Aristides decide conceder visto a todos os que o pedissem: "A partir de agora, darei vistos a toda a gente, já não há nacionalidades, raça ou religião". Com a ajuda dos seus filhos e sobrinhos e do rabino Kruger, ele carimba passaportes, assina vistos, usando todas as folhas de papel disponíveis.
Confrontado com os primeiros avisos de Lisboa, ele terá dito: "Se há que desobedecer, prefiro que seja a uma ordem dos homens do que a uma ordem de Deus".
Uma vez que Salazar tomara medidas contra o cônsul, Aristides continuou a sua actividade de 20 a 23 de junho, em Baiona (França), no escritório de um vice-cônsul estupefato, e mesmo na presença de dois outros funcionários de Salazar. A 22 de junho de 1940, a França pediu um armistício à Alemanha Nazi. Mesmo a caminho de Hendaye, Aristides continua a emitir vistos para os refugiados que cruzam com ele a caminho da fronteira, uma vez que a 23 de junho, Salazar demitira-o de suas funções de cônsul.
Apesar de terem sido enviados funcionários para trazer Aristides, este lidera, com a sua viatura, uma coluna de veículos de refugiados e guia-os em direção à fronteira, onde, do lado espanhol, não existem telefones. Por isso mesmo, os guardas fronteiriços não tinham sido ainda avisados da decisão de Madrid de fechar as fronteiras com a França. Sousa Mendes impressiona os guardas aduaneiros, que acabariam por deixar passar todos os refugiados, que, com os seus vistos, puderam continuar viagem até Portugal.
O cônsul demitido e sua família, bastante numerosa, sobrevivem graças à solidariedade da comunidade judaica de Lisboa, que facilitou a alguns dos seus filhos os estudos nos Estados Unidos. Dois dos seus filhos participaram no Desembarque da Normandia.
Frequentou, juntamente com os seus familiares, a cantina da assistência judaica internacional, onde causou impressão pelas suas ricas vestimentas e sua presença. Certo dia, teve de confirmar: "Nós também, nós somos refugiados".
Em 1945, Salazar felicitou-o por Portugal ter ajudado os refugiados, recusando-se no entanto a reintegrar Sousa Mendes no corpo diplomático.
A sua miséria será ainda maior: venda dos bens, morte de sua esposa em 1948, emigração dos seus filhos, com uma excepção. Após a morte da mulher, Aristides de Sousa Mendes viveu com uma amante francesa que, segundo testemunhos da época, muito contribuiu para a sua miséria.
Aristides de Sousa Mendes faleceu muito pobre, a 3 de abril de 1954, no hospital dos franciscanos em Lisboa. Não possuindo um fato próprio, foi enterrado com um hábito franciscano.