O avião deixou a área de cobertura do Centro de Controle Aéreo (ACC) Atlântico à 01.48 horas UTC. O desaparecimento se deu após a saída da zona de cobertura pelo radar brasileiro e alguns minutos antes da entrada no espaço aéreo senegalês, sob controle do ACC Dakar, o que deveria ter ocorrido às 02.20 horas GMT. O último contato com o avião foi quatro horas após a partida, às 02.14 horas UTC, a cerca de 100 km do waypoint TASIL e a cerca de 1.228 km de Natal, quando cerca de dez mensagens automáticas ACARS indicaram falhas em vários sistemas elétricos e um possível problema de pressurização. A troca de mensagens automática durou cerca de quatro minutos. Na altura o avião atravessava uma área com formações meteorológicas pesadas.
Quando isto ocorreu, a localização provável do avião era a cerca de 100 km do waypoint TASIL, assumindo que o voo decorria conforme planeado. Fontes da Air France anunciaram que as mensagens de falhas nos sistemas começaram a chegar às 2h10min UTC, indicando que o piloto automático tinha sido desativado. Entre as 02.11horas UTC e as 02.13 horas UTC chegaram várias mensagens referentes a falhas na Air Data Inertial Reference Unit (ADIRU) (fornecendo informação de posição e navegação) e no Integrated Standby Instrument System (ISIS) (um sistema secundário que fornece altitude, velocidade, Mach, altitude e velocidade vertical), e às 02.13 horas UTC foram indicadas falhas no Flight Control Primary Computer (PRIM 1) e no Spoiler Elevator Control (SEC 1), e às 02.14 horas UTC chegou a última mensagem, um aviso sobre a velocidade vertical de cabine, o que significa que o ar externo penetrou na aeronave, o que pode indicar despressurização ou mesmo que, a essa altura, o A330 já estivesse em queda na localização.
O voo deveria chegar a Paris às 11.10 horas CEST, 09.10 horas UTC.
A 2 de junho foi confirmada pelo ministro da defesa brasileiro Nelson Jobim a queda do aparelho, numa área próxima do arquipélago de São Pedro e São Paulo, cerca de 270 km a sul/sudeste da última localização conhecida da aeronave.
| “ | Estamos utilizando os equipamentos mais sofisticados do mundo. Essa é uma das operações de busca mais complexas já realizadas até hoje. Não podemos fazer melhor do que isso. | ” |






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